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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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阿龙6678

银虫 (初入文坛)

[求助] Material Studio的Sorption package模拟与实验不符 请问该怎么调参数

最近在用sorption来做模拟,我做的是Xylene在MOF上吸附的模拟,实验值得出xylene是可以进入孔道被吸附的,但是在模拟中xylene根本进不去。请问我该调什么参数呢?刚开始学习做模拟不熟悉,望各位大侠赐教!

我做的过程是:
1. Load解出来的MOF晶体cif,然后用Build-Symetry-Supercell 把晶体变成2*2*3的P1格子
2. Load 用MS画好并clean的p-xylene结构
3. Sorption 计算部分 所有的参数我都放在附图里面了。
4. 计算信息:
    Task                            : Fixed pressure
    Monte Carlo method              : Configurational bias
    Random number seed              :  1307782553
   ---- Fixed pressure calculation parameters ----
   Equilibration steps             :  1000000
   Production steps                :  10000000
   ---- Energy parameters ----
  Forcefield                      : Universal
  Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald & Group
   Accuracy                      : 1e-005 kcal/mol
   Charge group cutoff           : 18.5 A
   Buffer width                  : 0.5 A
  van der Waals terms:
   Summation method              : Atom based
   Truncation method             : Cubic spline
   Cutoff distance               : 18.5 A
   Spline width                  : 1 A
   Buffer width                  : 0.5 A
   Sample interval                 : 25 steps
   ---- Configurational Bias Monte Carlo method parameters ----
|                  | Ratio       | Amplitude   |
|                  |                |                   |
|__________________________________________
| Exchange   |       3.000 |                  |
| Regrowth   |       2.000 |                  |
| Twist         |       1.000 | 5 deg         |
| Rotate       |       1.000 | 5 deg         |
| Translate   |       1.000 | 1 A            |

| Sorbate     | Head bias   | Torsion     | Torsion     |
|                  | steps         | twisters    | bias steps |
|________________________________________________________
| p-Xylene    |          10     |           0    |                |

---- Fixed pressure calculation ----
Framework charge                :  0.000 e per cell
| Sorbate     | Charge      | Fugacity    |
|                  |                 | kPa           |
________________________________________
| p-Xylene    |       0.000 |     101.000 |
Temperature                     :  1.000 K
Total Fugacity                  :  101.000 kPa

---- Monte Carlo steps ----
|Sorbate  | Loading | Creation | Destruction| Regrowth | Rotation| Translation|C/D Ratio|
|             |              | steps     | steps          | steps       | steps     |Steps        |
|__________________________________________________________________________
| p-Xylene|       0    |              |                    |                |              |               |              |
|Accepted|             |           0 |           0       |           0    |           0 |           0  |          0  |
|Attempted|           | 2142880|  2142520     |    2856647 |1428268 |  142968  |           0 |
|  Ratio      |           |     0.000 |       0.000     |       0.000 |     0.000 |      0.000 |             |

---- Loading ----
| Sorbate     | Average     | Minimum     | Maximum     |
|                  | loading      | loading        | loading        |
|________________________________________________________
| p-Xylene    |       0.000   |           0       |           0       |

---- Isosteric heats ----
| Sorbate     | Average     | Minimum     | Maximum     |
|             | kcal/mol    | kcal/mol    | kcal/mol    |
|________________________________________________________

---- Overall system energies ----
Average total energy            :  0.000 kcal/mol

5. 计算结果中的Etotal和Loading图也在附件里。

希望能够得到牛人指导!在此感激不尽!

Set up.png



Energy.png



Constraints Properties Job-Controls.png



Loading.png



Etotal.png
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-15 10:41:47
ben_ladeng: 专家考核 2013-04-01 18:45:29
你的xylene用的是全原子模型还是粗粒化模型?一个CH2用一个小球表示的是粗粒化模型,就像一个CH4可以用一个小球表示。
好好学习,天天向上。
2楼2013-01-11 13:55:14
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阿龙6678

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-01-10 17:55:14
你的xylene用的是全原子模型还是粗粒化模型?一个CH2用一个小球表示的是粗粒化模型,就像一个CH4可以用一个小球表示。

用的是全原子模型啊!我还试过同学帮我用DFT算出来优化过结构的Xylene,也是全原子模型,结果也是loading=0.
3楼2013-01-11 22:01:48
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
阿龙6678: 金币+5 2013-01-13 06:20:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by 阿龙6678 at 2013-01-11 22:01:48
用的是全原子模型啊!我还试过同学帮我用DFT算出来优化过结构的Xylene,也是全原子模型,结果也是loading=0....

那么你不用全原子模型看看,用细致原子模型看看。。。
好好学习,天天向上。
4楼2013-01-12 15:59:44
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阿龙6678

银虫 (初入文坛)

非常感谢你的回复!! 细致原子模型是怎么得出来的呢?
5楼2013-01-13 06:19:48
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 阿龙6678 at 2013-01-13 06:19:48
非常感谢你的回复!! 细致原子模型是怎么得出来的呢?

就是CH2的每个原子都画出来。。。。
好好学习,天天向上。
6楼2013-04-06 20:33:07
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一二三吗

新虫 (小有名气)

请教一下楼主  你的sorption loading 图中的那个per cell 单位是如何转换成别的单位的呢 求指导!!
7楼2013-09-26 14:59:41
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ligesi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 阿龙6678 at 2013-01-13 06:19:48
非常感谢你的回复!! 细致原子模型是怎么得出来的呢?

你的C-C键是参考文献是值得吗/
新手驾到,O(∩_∩)O哈哈~
8楼2013-11-21 21:50:55
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feona911

银虫 (小有名气)

楼主这些你是在哪里学的啊
9楼2017-06-29 15:29:55
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