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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教：代谢组学数据预处理结果里各英文参数的意义？
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liying2010B

银虫 (小有名气)

[求助] 请教：代谢组学数据预处理结果里各英文参数的意义？

本人采用XCMS-online 对GC-MS数据预处理，因为是新手，结果里各英文参数的意义很多都不知道是什么含义，且该选其中的哪几个进入下一步分析呢？
    参数分别为：featureidx        name        METLIN_MSMS        fold        pvalue        mzmed        rtmed        maxint        dataset1_mean        dataset2_mean        isotopes        adducts        peakgroup        usernotes        tstat        qvalue        fscore        mzmin        mzmax        rtmin        rtmax        dataset1_sd        dataset2_sd
     特来向各位代谢组学的高手们请教，还望大侠们不吝赐教一二，小女子感激不尽！如有需要，好的答案我在手动追加金币也可以呀！这个月要出结果，着急呀，好心的您快来帮帮我吧！
     
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特别感谢小木虫，来这里向大家多学习，和大家一起进步！
1楼 2013-01-09 19:17:30
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metabolome

新虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-09-09 11:00:19
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
没有用过那个软件，不过猜想可以在手册中找到这些缩写。
在这里猜几个
featureidx： feature在LC-MS中是指一小块区域（横坐标为retention time，纵坐标为m/z），这块区域可以鉴定为某个物质，比如多肽，idx是index，序数
name： 这个就不说了
fold：变化的倍数
pvalue：统计学指标，一般越小越好
tstat        qvalue        fscore:其他的统计学指标
mzmed：猜测是median of m/z，就是feature区域里，m/z的中心值
rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就标明了feature的中心位置
maxint： maximum intensity最大峰值
dataset1_mean dataset2_mean：数据组1和2的平均值
dataset1_sd        dataset2_sd： 标准方差 standard deviation
usernotes：用户笔记
mzmin        mzmax        rtmin        rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2013-01-10 07:36:18
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liying2010B

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-10 07:36:18
没有用过那个软件，不过猜想可以在手册中找到这些缩写。
在这里猜几个
featureidx： feature在LC-MS中是指一小块区域（横坐标为retention time，纵坐标为m/z），这块区域可以鉴定为某个物质，比如多肽，idx是inde ...

非常感谢您的热心回帖。
这个是一个专业的在线软件，用户手册里没有参数含义的介绍或者使用搜索引。
赞一下 回复此楼
特别感谢小木虫，来这里向大家多学习，和大家一起进步！
3楼2013-01-10 14:38:41
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shygza

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
这是scripps的metlin扩展工具吧，显然有在线文档啊
http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-11 16:45:37
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