| 查看: 3336 | 回复: 9 | |||
| 本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
liying2010B银虫 (小有名气)
|
[求助]
请教：代谢组学数据预处理结果里各英文参数的意义？
|
||
|
本人采用XCMS-online 对GC-MS数据预处理，因为是新手，结果里各英文参数的意义很多都不知道是什么含义，且该选其中的哪几个进入下一步分析呢？ 参数分别为：featureidx name METLIN_MSMS fold pvalue mzmed rtmed maxint dataset1_mean dataset2_mean isotopes adducts peakgroup usernotes tstat qvalue fscore mzmin mzmax rtmin rtmax dataset1_sd dataset2_sd 特来向各位代谢组学的高手们请教，还望大侠们不吝赐教一二，小女子感激不尽！如有需要，好的答案我在手动追加金币也可以呀！这个月要出结果，着急呀，好心的您快来帮帮我吧！     |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 气质实验及数据处理 |
» 猜你喜欢
澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生（3个名额）地质化工冶金领域
已经有62人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有15人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有29人回复
-
关于Filecode分析方法
已经有12人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有11人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有10人回复
-
阿姨
已经有4人回复
-
一作与独作在应聘高校教师时区别大吗
已经有4人回复
-
静等基金结果
已经有21人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有28人回复
liying2010B
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 171.9
- 散金: 35
- 红花: 3
- 帖子: 156
- 在线: 55.9小时
- 虫号: 1136143
- 注册: 2010-11-01
- 性别: MM
- 专业: 民族药学
6楼2013-01-12 21:24:53
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24644.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
感谢参与，应助指数 +1
liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
|
没有用过那个软件，不过猜想可以在手册中找到这些缩写。 在这里猜几个 featureidx： feature在LC-MS中是指一小块区域（横坐标为retention time，纵坐标为m/z），这块区域可以鉴定为某个物质，比如多肽，idx是index，序数 name： 这个就不说了 fold：变化的倍数 pvalue：统计学指标，一般越小越好 tstat qvalue fscore:其他的统计学指标 mzmed：猜测是median of m/z，就是feature区域里，m/z的中心值 rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就标明了feature的中心位置 maxint： maximum intensity最大峰值 dataset1_mean dataset2_mean：数据组1和2的平均值 dataset1_sd dataset2_sd： 标准方差 standard deviation usernotes：用户笔记 mzmin mzmax rtmin rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值 |
2楼2013-01-10 07:36:18
liying2010B
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 171.9
- 散金: 35
- 红花: 3
- 帖子: 156
- 在线: 55.9小时
- 虫号: 1136143
- 注册: 2010-11-01
- 性别: MM
- 专业: 民族药学
3楼2013-01-10 14:38:41
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
|
这是scripps的metlin扩展工具吧，显然有在线文档啊 http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php |
4楼2013-01-11 16:45:37
