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itismineok

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 建议开设《计算物理、化学、生物、材料》的板块

关于板块的名称:《计算物理、化学、生物、材料》

总觉得计算化学这个名字把搞物理,材料,生物的人都拒之门外了,所以将名字再次改为《计算物理、化学、生物、材料》,特此声明!

包含的研究方向:QM计算,MD计算,Ab Initio MD计算,QM/MM计算。

板块:包括 理论,软件,应用 三个子版
理论
QM计算,MD,Ab Initio MD,QM/MM方法的基本原理,最新进展。

软件
软件开发,常用软件介绍:
比如    量化软件:Gaussian0X, GAMESS,ADF,ABINIT,MOPAC等。
分子动力学软件:Amber, NAMD,Gromacs,Charmm 等。
从头算MD软件 :CPMD  

应用:
介绍各种计算的实例,涵盖以下各领域:
计算物理
计算化学
计算生物
计算材料

运作方式:
管理人员:编辑(版主)
主要负责版规草拟和实施,约稿,初审稿件,日常管理

荣誉类人员:审稿人,专栏作者
审稿人:由发稿人推荐或者由编辑提供,负责对稿件的评审
专栏作者:受编辑多次约稿的作者,并有多篇优秀稿件

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[ Last edited by itismineok on 2007-8-29 at 11:15 ]
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

QM/MM是量子力学/分子力学,没有包括分子动力学
而动力学又分为:
Dynamics
Kinetics
当然,也有用“动力学”、“动理学”来区分的。
6楼2007-08-02 12:57:25
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cl子鱼

铜虫 (小有名气)

赞同,可以学习分子模拟软件,很高兴
2楼2007-08-01 22:36:48
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itismineok

捐助贵宾 (正式写手)

这个帖之子不要沉了,我可是很有诚意的,顶上去!
3楼2007-08-02 08:20:39
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

计算化学领域的名词、概念由于变化较快,往往产生误会。

1、有一本《计算化学》的书,而内容却是“化学计算”
2、分子模拟,最早的概念其实是“分子图形学”,后来才逐渐演变为动力学
3、举一个例子:计算化学邮件列表(CCL.net)在2004年间,由于关于高斯的帖子的确很noisy,因此要求所有关于高斯的主题,都冠以G:,这样,就减少了对非高斯粉丝的打扰。
4、再举一个例子:
   美国化学会关于计算化学的文章,主要有以下期刊:
   (1)J Chem Inf Model: 化学信息与模拟
   (2)J Phy Chem A(以及B和C):物理化学
   (3)J Chem Theory  Comput: 化学理论与计算
   其他的则分布在J Med Chem等,与具体领域比较密切。
   而欧洲则有:
   JCC: 计算化学
    QSAR & Combi Chem: 构效关系与组合化学
   等

5、因此,如果为“分子模拟”开版,那要不要为“计算化学”、“量子化学”、“分子力学”、“化学信息学”、“化学计量学”开版?

建议:

1、参考国家自然科学基金委员会关于课题研究领域的分类
2、建议参考美国化学会、中国化学会等关于专业委员会的分类
-----------------------------
(1)美国化学会的专业分组
(2)中国自然科学基金委员会化学科学部学科代码
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540484&fpage=1

[ Last edited by yalefield on 2007-8-2 at 10:58 ]
4楼2007-08-02 10:33:45
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