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hf9876木虫 (正式写手)
久
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[求助]
AMBER对底物小分子的RMSD计算
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刚开始接触AMBER,算一个酶和底物的相互作用，MD做完后明显看出小分子位置变化的。 计算主链的RMSD时，用的是 rms first out 111.rmsd @CA,C,N time 1.0 得到的RMSD序列大概在2点多左右 计算底物小分子的RMSD时，用的是（底物序号是200） rms first out 222.rmsd :200 time 1.0 这样得到的RMSD在0.2,0.3左右,明显是不对的。 用VMD,选了最开始和最后面的两个构像，在align了主链以后， 计算这两个结构主链的RMSD,和AMBER的结果是相符的，在2点多。 计算底物的RMSD,值是40多。。。 我觉得AMBER做的话应该也得到40多的值才对吧，但是应该怎样设定呢？ |
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