应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有多态性的基因型命名法
61/1返回列表
查看: 1297  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

animbiotech

铜虫 (小有名气)

[求助] 有多态性的基因型命名法

各位战友：我们最近用PCR-SSCP对某个基因的不同区域进行多态性分析，然后对发现多态性的区域测序。对发现多态性的位点，我们用AA、AB、BB表示野生型、杂合型和突变纯合型。
最近，我们投出去的文章收到了审稿人的意见：The most of my concern is due to the RESULTS section.Particularly, the nomenclature of genotypes and alleles in the text, figures and tables is confusing and should be changed. If the nucleotide substitutions were identified by sequencing, nucleotide symbols should be used for description of polymorphisms e.g. A/C, C/T. There is no reason to introduce new misleading symbols such as AA, BB.
他的意识我清楚：即如果DNA序列分析发现了变异的核苷酸，应该用核苷酸来命名基因型，如A变异为C（A/C）应该用AA、AC、CC来表示野生型、杂合型和突变纯合型，而不应该用AA、AB、BB这种表示方法。
我现在有个疑问：如果在一对PCR引物的扩增区域只发现了一个碱基变异，用上述命名法是没有问题的；可是如果在同一个扩增区域发现了多个碱基变异该如何命名呢？
例如：我们在用一对PCR引物进行某个基因的外显子进行扩增，SSCP分析后有3种基因型，DNA测序后发现共发现了4个碱基变异：c.1062 T>C，c.1083 G>A，c.1226 A>C，c.1233 C>T。 请问这3种基因型该如何命名？

未标题-1 拷贝.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-01-05 12:50:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

animbiotech

铜虫 (小有名气)
请虫子们帮忙
回复此楼
2楼2013-01-06 11:47:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这种情况没有特别要求吧。一般用某某基因的allele表示就可以了吧，实在不行在基因后面加ecotype的缩写以示区别。
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-06 12:41:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

animbiotech

铜虫 (小有名气)
谢谢yangsh_nj，能否再详细说明一些呢。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-06 13:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

animbiotech

铜虫 (小有名气)
我的基因为PRLR，外显子10很长，共设计了5对PCR引物，其中在第2对、第3对和第5对PCR引物扩增区域发现多态性。在第2对和第3对引物扩增区域中都发现了不止1个碱基变异。请问该如何命名各自的基因型呢？
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-06 14:23:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

嗨

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
animbiotech: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-08 22:00:02
将不同带型的送去测序，获得真实的基因序列及其变异，有一个专门的网站命名基因型，不好意思，忘了

在西北农林大学陈宏教授的一个博士生发了篇small ruminants research杂志上，某篇文章就详细了命名了，自己google查陈教授的简历中的文章看看，是在不好意思，具体的信息就这么多了
赞一下 回复此楼
嗨
6楼2013-01-08 09:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 animbiotech 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 言之凿凿，8月21号(明天)放榜 +13 医学老男孩 2026-08-20 15/750 2026-08-20 15:19 by chengyan1220
[基金申请] 时间戳又变了 +3 wuchongjun 2026-08-20 4/200 2026-08-20 15:18 by felixwseu
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +17 基诺咪客 2026-08-17 21/1050 2026-08-20 14:54 by 昝占全2025
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 21/1050 2026-08-20 10:37 by Vivilian
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭