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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » polyrate2010 安装求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhongshidaxt

金虫 (著名写手)

[求助] polyrate2010 安装求助

各位虫友们：
我做的是有关量子化学计算的课题，需要用到polyrate这个软件。但是安装之后测试不正确，各位大侠能不能帮我指出其中的问题，万分感谢！
基本信息：
polyrate版本： 2010-A
OS： linux
安装过程中的相应步骤：
[lzzh@HeavyOil polyrate2010rp]$ ./configure
Welcome to POLYRATE 2010-A!
Do you want POLYRATE 2010-A to be your
new default version of POLYRATE?   [ yes ]: y
Cleaning the src/ directory ...

... processor is x86_64
... OS is Linux

Is this running used to generate Makefile for RP-VTST or VRC-VTST?
[ Choose 'RP' or 'VRC' ]: rp
which: no ifort in (”/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/gaussian/g09:”/bin:/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/gaussian/g09:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/bsd:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/private:/home/lzzh/gaussian/g09/g09”:/home/lzzh/mpich2/bin:/home/lzzh/bin:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/bsd:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/private:/home/lzzh/gaussian/g09/g09”:/home/lzzh/mpich2/bin)
....did not find Intel Fortran compiler - ifort
....found GNU Fortran compiler - gfortran :/usr/bin/gfortran
....found MPI compiler :/usr/local/bin/mpif77
which: no icc in (”/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/gaussian/g09:”/bin:/home/lzzh/amber10/bin:/home/lzzh/gaussian/g09:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/bsd:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/private:/home/lzzh/gaussian/g09/g09”:/home/lzzh/mpich2/bin:/home/lzzh/bin:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/bsd:/home/lzzh/gaussian/g09/g09/private:/home/lzzh/gaussian/g09/g09”:/home/lzzh/mpich2/bin)
....did not find Intel C compiler
....found GNU C compiler :/usr/bin/gcc
....found MPI C compiler :/usr/local/bin/mpicc

Do the options chosen above look OK? [ yes ]: y
... installing
.... creating Makefile

---- POLYRATE INSTALLATION COMPLETE ----

Have a nice day!

.... done with Makefile
显示安装完成，下面是测试过程：
[lzzh@HeavyOil ch5]$ ./ch5j1tr1.jc
gmake -s ../exe/polyrate2010-A.ch5.serial.exe  
ivtstm.F:5681.72:

                pause 'singular matrix in gaussj'                       
                                                                        1
警告： 已删除的特性：(1)处的 PAUSE 语句
ivtstm.F:5701.72:

        if (a(icol,icol).eq.0.) pause 'singular matrix in gaussj'      
                                                                        1
警告： 已删除的特性：(1)处的 PAUSE 语句
main.F:22: Error: Can't open included file 'mpif.h'
gmake[1]: *** [main.o] 错误 1
gmake: *** [CH5S] 错误 2
mv: 无法获取"poly.fu1" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
mv: 无法获取"poly.fu6" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
mv: 无法获取"poly.fu14" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
mv: 无法获取"poly.fu15" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
mv: 无法获取"esp.fu61" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录

结果就出现了上述过程中无法获取相应文件的问题。 RP-VTST or VRC-VTST分别安装，都遇到的同样的问题。自己整理了好久，也没有解决。
各位大侠看是哪一步骤出了问题，期待回复，谢谢！
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不求最好，只求更好~
1楼 2012-12-29 20:41:04
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhongshidaxt: 金币+10, ★有帮助, 我查出了是缺少intel编译器的问题，但是在linux ubuntu 系统上安装不上intel的编译器，所以到现在还是没能成功安装polyrate 2013-01-08 15:03:52
gmy1990: 金币+2 2013-01-08 16:49:11
没有  intel c  和 intel fortran compiler.  你去intel网站上下一个最新版的安装一下。好像有2g大小。文件还是挺大的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-08 13:55:57
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
内容已删除
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3楼2013-01-08 17:50:41
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zhongshidaxt

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by flyingfish00 at 2013-01-08 17:50:41
建议 这种计算还是用 redhat，或者cent os，据说出错的情况很少。

我用的就是cent os，感觉各种软件运行还是挺顺利的。

intel 编译器现在改名  parallel_studio_xe_2013，自己到官网下载吧。要注册一下的。...

intel编译器我下下来了，并且服务器上的系统就是cent os 的，但是无法成功安装
赞一下 回复此楼
不求最好，只求更好~
4楼2013-01-08 18:49:04
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紫电

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gkf高: 金币+2 2013-09-05 12:37:23
不知道你的问题解决了没有，2010—A有个小问题，少了一个文件，你用2008安装就OK了
赞一下 回复此楼
5楼2013-09-05 12:29:55
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