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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autogrid4: WARNING: Found an H-bonding atom with three bonded atoms
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xj6176512

新虫 (初入文坛)

[求助] autogrid4: WARNING: Found an H-bonding atom with three bonded atoms

autogrid4: WARNING: Found an H-bonding atom with three bonded atoms，但是也能运行成功，怎么解决这个问题。
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慢慢的走前一步！
1楼 2012-12-26 16:31:59
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-27 09:37:27
在pdbqt文件里面重新编辑该原子就可以了。用notepad打开，找到该原子，编辑
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2楼2012-12-26 21:18:26
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xj6176512

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-26 21:18:26
在pdbqt文件里面重新编辑该原子就可以了。用notepad打开，找到该原子，编辑

哦 非常感谢你的回复，但是这个怎么重新编辑呀？
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慢慢的走前一步！
3楼2012-12-26 22:08:08
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
根据你的小分子的具体情况，有可能这个提示没有意义，比如-NH3+ 氨基质子化。大多数情况下这样的warning不用管，只要不是Erro就能运行成功。
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4楼2012-12-27 12:41:51
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xj6176512

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-27 12:41:51
根据你的小分子的具体情况，有可能这个提示没有意义，比如-NH3+ 氨基质子化。大多数情况下这样的warning不用管，只要不是Erro就能运行成功。

谢谢你的回复，但是上面说的还是不很懂怎么去重新编辑，是不是能运行成功就没事？
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慢慢的走前一步！
5楼2012-12-27 15:29:08
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

这个真不用去编辑。直接看结果！
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6楼2012-12-27 15:41:25
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xj6176512

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-27 15:41:25
这个真不用去编辑。直接看结果！

只要运行成功就行，对吧？但是做了好多次，重复性不好，我想着是这个问题呢。
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慢慢的走前一步！
7楼2012-12-27 17:13:30
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2012csc

至尊木虫 (知名作家)
出现这种情况怎么继续运行啊~~
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坚持就是胜利！
8楼2016-01-06 21:41:30
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