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夏天的娃金虫 (小有名气)
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两个片段对接几种不同构型优化出的能量差多少可认为是忽略呢（构型上不是差很远）
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我想将两个片段对接，优化结构，在片段1同一个原子附近放置片段二，其中构型ABC相差很小，都是将片段2放在片段1上方，只是有所旋转，而D是将片段1与片段2的两个原子共面，是参照文献的构型建立的（文献未提供坐标）。优化后都无虚频，ABC除了保持一个基团旋转角度不同外，其它相差不远，而D与也基本保持它的初始构型，SCF能量结果如下表。在原excel里保留小数位数略多，能量相差比较明显，保留四位小数的是相差就很小了。在GV里明显这四个构型不是完全一样的，原子间距什么的都有点差别。 但是我很疑惑从这样的情况里应该怎样选其中一个构型呢？ 换算成kJ/mol后，每个构型相差多少可以认为忽略不计呢？  问题有一点弱。。请求批评指正！  构型能量，及与最小小能量的差值 |
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夏天的娃
金虫 (小有名气)
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2楼2012-12-28 09:03:46