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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] MS模拟单个气体分子在孔道或者界面上的自由能应该用什么模块

以前一直用MS模拟的时候只是用sorption算算吸附量,吸附热什么的,或者是用forcite模块进行一些简单的结构优化和动力学模拟。最近在模拟一种多级孔道吸附水蒸气分子,但是模拟结果与设想相反,与老板讨论后,给出的建议是分别模拟单个水分子在大孔(也就是介孔)和小孔(微孔)中的自由能,对比两者的大小,就能知道水分子到底是更容易进到介孔还是微孔里了。听说这个计算用Gromacs很容易进行,但是我建好两种单独的孔道模型,向组里用Gromacs模拟的同学帮忙计算的时候,他说需要结构的ITP文件,但是MS不能导出这种文件,向想大家请教一下:
(1)MS是否有方法可以导出ITP文件?
(2)MS是否有那个模块实现与gromacs相同的功能
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王慧1021

金虫 (小有名气)

用MS模拟的时候用sorption算吸附量,被吸附的气体分子能带电荷吗?如果可以,如何操作呢?但是我不知道如何解决你的问题
2楼2012-12-20 09:17:37
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