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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 小硕求助，在准备受体文件时加氢加电荷是为什么呢？
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hanxuan8912

新虫 (小有名气)

[交流] 小硕求助，在准备受体文件时加氢加电荷是为什么呢？ 已有1人参与

小硕求助，在准备受体文件时加氢加电荷是为什么呢？我应该从哪儿找到这些知识呢？
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因为梦想所以选择远方，因为孤独，所以选择坚强：没有比人更高的山没有比较更长的路，梦想与现实总有接壤的地方！
1楼 2012-12-18 08:55:36
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hanxuan8912

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-18 12:21:18
加氢并且merge no-polar氢是为了计算氢键相互作用
加电荷是为了计算电荷相互作用啊

用DOCK加氢的时候，Protonation states for 中有好多选项，这些要怎么考虑呢？

求助1.jpg
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因为梦想所以选择远方，因为孤独，所以选择坚强：没有比人更高的山没有比较更长的路，梦想与现实总有接壤的地方！
3楼2012-12-19 23:24:24
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-20 08:17:54
加氢并且merge no-polar氢是为了计算氢键相互作用
加电荷是为了计算电荷相互作用啊
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2楼2012-12-18 12:21:18
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有玩过dock，不过我想你说的protonation state for 好多选项主要是指不同的pH条件下吧，因为不同的氨基酸有不同的等电点。在不同的pH值下，加氢的情况应该是不同的。
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4楼2012-12-20 13:35:22
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