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关于画晶体结构图相关软件的使用心得
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看到坛子里经常有人求助画晶体结构的软件及相关的使用说明，通过自己的学习过程写一些心得和大家一起交流。一般在拿到晶体数据时，我们利用其中的ｃｉｆ文件画图，主要利用的软件有：ｓｈｅｌｘ，ｍｅｒｃｕｒｙ，ｄｉａｍｏｎｄ这三种，以下我来分别介绍一下自己的使用心得： 1.shelx的使用，这个软件是大家最为常用的，因为它即可解晶体又可画图，这个软件的使用需要记住相应的命令，早期要在ｄｏｓ下，现在的在ｘｐ下使用已经较方便了。先总结一下相关的基本命令： read xxx(cif 的文件名) fmol kill $h(若想图看起来清晰，可以不画ｈ原子时用这个命令) ｐｒｏｊ 这时看到的是基本的配位环境图 若不需要的原子就可用kill删去， 若配位环境还达不到你想要说明的可以利用ｇｒｏｗ命令 matr1 pack 这时看到的是从ａ方向的晶胞堆积图，不但可以看到各个原子的配位情况，若有氢键作用，也可以看到；matr2,3是分别从ｂ，ｃ方向，这时就看你的选择是要从什么角度说明了，当然在ｍａｔｒ的命令后，我们看到的图可以通过左手方向的旋转按钮来选择其他的角度，只要能说明问题就好。 ｅｓｃ后 ｔｅｌｐ ０－３０（数字的选择是在画ｏｒｔｅｐ是的比例一般是３０或５０；若不输入数字，系统会有自动的默认，若想画带有晶胞的图用telp cell 命令） 接下来回让你起个name, 什么都好，比如：１ ｄｒａｗ １（此时画的就是ａ方向看的堆积图） 接下来就是标记各原子的名字（若不想标记在ｔｅｌｐ命令前加ｌａｂｌ０命令） 然后问你要画的图存成什么格式，多是选择ｈ 再来就是是问你画彩图还是黑白图 然后问你选择的纸张大小 以上就是ｓｈｅｌｘ的基本命令了，还有一些复杂的大家可以参看陈小明等编写的《单晶衍射分析》这本书。 利用这个软件的好处在与它同时可以解晶体，当数据有些不合理的地方可以在重新解；我觉得最便利的是这个软件在表达氢键作用时非常好，所以我经常利用它画含氢键作用的结构图。现在一些好的杂志发表的图，利用这个软件画图的很多，多集中表达是画配位环境的ORTEP图。还有一些是表达pi-pi作用的结构图。 2.dimond的画图使用心得，这个软件不用说，大家也知道画出来的图那是相当的漂亮，所以我们看到那些杂志发得漂亮的图多是用ｄｉａｍｏｎｄ完成的。它的功能很齐全，可以画图，计算距离，扭转角等等，但这个软件在初学时给人的感觉是无从下手，不要紧慢慢琢磨后，发现这个软件是这三种画图软件中，个人认为最好的。它的基本步骤： 选择一个ｃｉｆ文件利用ｄｉａｍｏｎｄ打开 接下来是ｄｉａｍｏｎｄ程序自带的画图帮助窗口，一直 “下一步”到问你是画单独的配位图，还是晶胞堆积图等几种选择，根据自己的要求，点“完成” 然后，出现的图美观程度达不到我们要求的，这时就是精细修改的过程，ｄｉａｍｏｎｄ中都有相关的命令，若是发文章要画的图，ｄｉａｍｏｎｄ还可以设置分辨率，底色，输出图的格式。在画孔洞方面的图时，可以加入假原子，改变假原子大小，来表达孔洞的大小；对于具有螺旋结构的物质，还可以画出螺旋轴；特别是在讨论拓扑结构时，利用这个软件过滤掉不需要的原子或加上假原子画出的拓扑结构非常漂亮。 还有更值得一提的是，它可以制作小的动画短篇，如结构的旋转图等等，我们把这些动画与ｐｐｔ相结合，会是你的答辩更精彩。 3. ｍｅｒｃｕｒｙ的是使用，三个软件中，个人认为命令最简化的就是这个软件，但是它最大的缺点就是画出来的图的清晰度达不到有些杂志要求的，发在ｗｏｒｄ文档中的感觉总是有些虚，若是作毕业论文用这个软件画图很方便，也比较好看，但是发文章的图还是用diamond好。我经常利用这个软件来看图，也就是说，当你要说明一个结构时，你得知道这个结构有什么特点，我经常利用这个软件来找出结构得特点，因为命令简单。刚打开时我们就可以看到基本得一个配位环境图，然后点几个命令就可知你得结构有没有氢键，是几维得；值得指出得是这个软件在算结构中有没有ｐｉ－ｐｉ堆积是最快的，不像ｓｈｅｌｘ要记住ｎ多的命令，所以当看到芳香环较近时，就利用这个软件看有没有ｐｉ－ｐｉ堆积吧，同时还可以计算距离，角度只需鼠标右键。坛子里有发这个软件的破解版，还可以搜索看到别人收录在ｃｃｄｃ的晶体数据，真的是很方便。所以我经常用这个软件来了解结构的特点，用ｄｉａｍｏｎｄ画图。 另外，值得指出的是diamond和ｍｅｒｃｕｒｙ都可以模拟ＸＲＤ衍射，不过后者模拟出来的更好看些，前者模拟的图形样式可以根据设置改，后者却不能。还有就是这两个软件都有自己的默认键长，在配位化学领域存在着一些不完全配位，在这两个软件中会以实线表达，这和配位键是一样的，若大家想用虚线表达不完全配位，在ｄｉａｍｏｎｄ里是可以办得到的；而ｓｈｅｌｘ在不完全配位方式的表达是没有任何连线的，会让我们误解没有配位，所以在观察一个结构时最好用ｓｈｅｌｘ和ｍｅｒｃｕｒｙ相结合来找出配位特点。 总之，我们在画图时或观察结构特点时这三个软件相结合，因为各有各的特点，在加上我们自己要多努力琢磨，我们一样可以画出漂亮的图，自己的文笔不太好，大家见谅。 [ Last edited by bloveocean on 2007-8-29 at 09:07 ] |
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楼主求救
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这些软件是不是和chem３Ｄ的功能差不多 只是更高级？ 我现在用chem３Ｄ做个模型 弄了很久也没出来 １.使氨基酸分子的（C-N）键基本垂直于大分子中O(20),O(26),O(32)组成的平面，严格来说是要求O(20)-H(100)键长2.1 ,O(26)-H(100)键长2.0 ,O(32)-H(100)键长2.0 {此处的键长是只不成键的两原子的距离}不家看图就知道了. 2.使氨基酸分子在第一步的基础上靠近或远离大分子的平移过程中每隔1A收集一个模型，得到多对结合物模型 第一步我是手工将小分子移到差不多的位置,在set distance中的actual 中输入键长数值调整,但是始终不能达到上述要求. 第二步就不会了，手工好象平移也太不准确了． 我把我做的初步模型传上来．希望楼主能解决一下 不用chem３Ｄ来做也行．只要有软件能做出来 [ Last edited by xiaokeaini83 on 2007-8-20 at 16:59 ] |
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