| 查看: 1057 | 回复: 2 | |||
lrf1980新虫 (小有名气)
|
[交流]
问问大家都用什么工具来生成小分子库的三维构象？ 已有1人参与
|
|
我自己主要用openbabel处理分子库，单个小分子的话用avogadro。 但是我发现openbabel处理的结果跟avogadro的有差异，所以现在没有很合适的软件。大家都用什么啊？ openbabel 我用下面的命令： 先做能量最小化： obminimize －ff Ghemical (or MMFF94) - n 10000 filename 然后选择最优的构象： obconformer 100 500 filename>foldname/filename 另外如果要对两个不同的分子库做合并，合并相同的分子，有什么好办法么？ |
回复此楼» 猜你喜欢
时间戳他又来了
已经有16人回复
-
系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了
已经有9人回复
-
产物和副产物价值比较
已经有4人回复
-
这个自发加氧反应的机理是什么？
已经有7人回复
-
J-J-W不为人知的一面
已经有19人回复
-
没消息就是被刷了呗
已经有14人回复
-
微信指数没变化，科研之友没阅读
已经有8人回复
-
这种情况还有戏吗
已经有11人回复
-
同事接到电话了，我却没有
已经有4人回复
-
准备明年的基金了
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2012-12-17 10:23:10
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
3楼2012-12-18 08:08:49