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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 建树到底要不要删gap？
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肉肉大脸猫

新虫 (初入文坛)

[求助] 建树到底要不要删gap？

多序列比对MEGA5建树，比对之后要不要删掉gap？很多讲座上说要删掉，那么我想问是是只修齐两端？还是删除中间成列的gap？还是所有的gap(包括图中的gap)一律删除？哪一种更好？

未命名.jpg
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咿呀咿呀呦
1楼 2012-12-08 13:53:48
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
肉肉大脸猫: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-12-08 17:14:11
对某些基因进行进化分析并建树。虽然可以直接使用多序列比对的结果，但是不是很严谨。
理论上讲，你应该先把这些序列上保守的domain/block 找出来，然后使用这些区域进行建树。比直接用全长 要好。
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2楼2012-12-08 14:55:44
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肉肉大脸猫

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-08 14:55:44
对某些基因进行进化分析并建树。虽然可以直接使用多序列比对的结果，但是不是很严谨。
理论上讲，你应该先把这些序列上保守的domain/block 找出来，然后使用这些区域进行建树。比直接用全长 要好。

好滴，我懂啦，谢谢！
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咿呀咿呀呦
3楼2012-12-08 17:14:55
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半神之死

银虫 (初入文坛)
gap可能会影响拓扑结构，建议不删gap，gap全删，删除部分gap分别建树看看拓扑结构有无明显变化。
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4楼2019-12-23 16:58:47
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