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肉肉大脸猫

新虫 (初入文坛)

[求助] 建树到底要不要删gap?

多序列比对MEGA5建树,比对之后要不要删掉gap?很多讲座上说要删掉,那么我想问是是只修齐两端?还是删除中间成列的gap?还是所有的gap(包括图中的gap)一律删除?哪一种更好?

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咿呀咿呀呦
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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肉肉大脸猫: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-12-08 17:14:11
对某些基因进行进化分析并建树。虽然可以直接使用多序列比对的结果,但是不是很严谨。
理论上讲,你应该先把这些序列上保守的domain/block 找出来,然后使用这些区域进行建树。比直接用全长 要好。
2楼2012-12-08 14:55:44
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肉肉大脸猫

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-08 14:55:44
对某些基因进行进化分析并建树。虽然可以直接使用多序列比对的结果,但是不是很严谨。
理论上讲,你应该先把这些序列上保守的domain/block 找出来,然后使用这些区域进行建树。比直接用全长 要好。

好滴,我懂啦,谢谢!
咿呀咿呀呦
3楼2012-12-08 17:14:55
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半神之死

银虫 (初入文坛)

gap可能会影响拓扑结构,建议不删gap,gap全删,删除部分gap分别建树看看拓扑结构有无明显变化。
4楼2019-12-23 16:58:47
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