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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS运行结果出现nan
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-10 08:14:06
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 16:14:20
楼上所言甚是！

如果我没有理解错的话，楼主是想模拟氯化钠晶体的融化吧？

如果是这样的话，你的模型貌似有问题，
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
这个命令建立的原子位置是随机的 ...

对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一个单个NaCl的构型tl文件，用这个软件可以生成复杂的体系的data文件。
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WJ-MS WJ-MS
11楼2012-12-10 03:22:02
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 23:14:20
楼上所言甚是！

如果我没有理解错的话，楼主是想模拟氯化钠晶体的融化吧？

如果是这样的话，你的模型貌似有问题，
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
这个命令建立的原子位置是随机的 ...

我想模拟计算氯化钠熔体的结构和性质，文献里面是说，初始位置随机分布就好了，我就尝试了一下这样构建体系。你觉得应该怎么构建体系呢？
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加油！
12楼2012-12-10 08:50:04
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 03:22:02
对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一 ...

我想要模拟计算熔融氯化钠的结构和性质，计算它的径向分布函数、均方位移什么的……你看这种情况我应该怎么建模呢？
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加油！
13楼2012-12-10 08:51:32
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-10 01:51:32
我想要模拟计算熔融氯化钠的结构和性质，计算它的径向分布函数、均方位移什么的……你看这种情况我应该怎么建模呢？...

没做过这方面的问题，不敢瞎说。
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14楼2012-12-10 15:06:09
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 15:06:09
没做过这方面的问题，不敢瞎说。...

我在上次那个in文件里面加了一个minimize命令，但是运行计算好像没有反应啊，你能不能帮我看看呢
# 3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary  p p p
atom_style        charge

region                   regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box           2 regbox
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box
mass                1 23.0
mass     2 35.5
set type 1 charge 1.0
set type 2 charge -1.0

pair_style born/coul/long 10.0 8.0
pair_coeff 1 1 0.2640625 0.317 2.340 1.05 0.5
pair_coeff 1 2 0.21125 0.317 2.755 7 8.6875
pair_coeff 2 2 0.1584375 0.317 3.170 72.5 145.625
kspace_style ewald 1.0e-4

neighbor        0.1 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check no
timestep 0.005
minimize 1.0e-4 1.0e-4 100 1000

compute          1 all msd  
velocity        all create 1073.0 87287 dist gaussian

run              0

thermo           5000
thermo_style     custom step etotal temp c_1[4]

thermo_modify    flush yes

dump             1 all custom 100000 dump.* id type x y z
dump             2 all cfg 100000 a*.cfg id type xs ys zs
dump_modify        1 element Na1 Cl2

fix              2 all npt temp 1073 1073 4 aniso 0 0 4
run              500000

unfix            2
fix              2 all nvt temp 1073 1073 0.1 drag 0.2
run              500000
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15楼2012-12-12 11:14:26
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-19 23:14:47
引用回帖:
15楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-12 05:14:26
我在上次那个in文件里面加了一个minimize命令，但是运行计算好像没有反应啊，你能不能帮我看看呢
# 3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary  p p p
atom_style        charge

region                   regbox blo ...

有反应啊，不过minimization之后能量反倒更大了，唉，我也没做过带电系统的，不敢瞎评论。
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0     3283.825            0     3283.825    1841942.5
       1            0    2201.9244            0    2201.9244    1191267.3
       2            0 1.1420382e+28            0 1.1420382e+28 7.3432144e+30
Loop time of 0.0345552 on 1 procs for 2 steps with 212 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = linesearch alpha is zero
  Energy initial, next-to-last, final =
         3283.82497763      2201.92444207  1.14203823754e+28
  Force two-norm initial, final = 20954.6 2.00103e+32
  Force max component initial, final = 11759.7 1.14428e+32
  Final line search alpha, max atom move = 2.10676e-16 2.41072e+16
  Iterations, force evaluations = 2 40
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16楼2012-12-12 15:36:20
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-12 15:36:20
有反应啊，不过minimization之后能量反倒更大了，唉，我也没做过带电系统的，不敢瞎评论。
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press  ...

我电脑上完全没有反应啊，一直停留在这个状态，怎么回事啊，真心郁闷啊
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 9.03804 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0          nan            0          nan          nan
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17楼2012-12-13 08:51:06
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WJ-MS

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引用回帖:
11楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 03:22:02
对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一 ...

楼主有没有用过moltemplate软件啊，我按照manual上面设置环境变量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用户名是root，我应该把moltemplate文件夹放到哪里啊
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18楼2013-01-19 14:51:37
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Bessel

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★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-19 23:15:03
引用回帖:
18楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-01-19 08:51:37
楼主有没有用过moltemplate软件啊，我按照manual上面设置环境变量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用户名是root，我应该把moltemplate文件夹放到哪里啊...



你用Linux系统直接用root账号？root敢死队，不怕把系统玩死。

root的bash文件和普通用户的不一样，manual是按照普通用户写的，你回到普通用户再弄一遍。
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WJ-MS
19楼2013-01-19 19:19:09
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WJ-MS

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引用回帖:
19楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-19 19:19:09


你用Linux系统直接用root账号？root敢死队，不怕把系统玩死。

root的bash文件和普通用户的不一样，manual是按照普通用户写的，你回到普通用户再弄一遍。...

唉，不懂Linux啊，别人帮我装的，就用了root账号了……怎么换成普通账号啊？换成普通账号后，我root账号里的东西是不是就没有了啊？
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Bessel
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20楼2013-01-20 12:47:38
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