应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS运行结果出现nan
212/3返回列表上一页123下一页
查看: 4579  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-10 08:14:06
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 16:14:20
楼上所言甚是！

如果我没有理解错的话，楼主是想模拟氯化钠晶体的融化吧？

如果是这样的话，你的模型貌似有问题，
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
这个命令建立的原子位置是随机的 ...

对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一个单个NaCl的构型tl文件，用这个软件可以生成复杂的体系的data文件。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

WJ-MS WJ-MS
11楼2012-12-10 03:22:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-09 23:14:20
楼上所言甚是！

如果我没有理解错的话，楼主是想模拟氯化钠晶体的融化吧？

如果是这样的话，你的模型貌似有问题，
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
这个命令建立的原子位置是随机的 ...

我想模拟计算氯化钠熔体的结构和性质，文献里面是说，初始位置随机分布就好了，我就尝试了一下这样构建体系。你觉得应该怎么构建体系呢？
赞一下 回复此楼
加油！
12楼2012-12-10 08:50:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 03:22:02
对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一 ...

我想要模拟计算熔融氯化钠的结构和性质，计算它的径向分布函数、均方位移什么的……你看这种情况我应该怎么建模呢？
赞一下 回复此楼
加油！
13楼2012-12-10 08:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-10 01:51:32
我想要模拟计算熔融氯化钠的结构和性质，计算它的径向分布函数、均方位移什么的……你看这种情况我应该怎么建模呢？...

没做过这方面的问题，不敢瞎说。
赞一下 回复此楼
14楼2012-12-10 15:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 15:06:09
没做过这方面的问题，不敢瞎说。...

我在上次那个in文件里面加了一个minimize命令，但是运行计算好像没有反应啊，你能不能帮我看看呢
# 3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary  p p p
atom_style        charge

region                   regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box           2 regbox
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box
mass                1 23.0
mass     2 35.5
set type 1 charge 1.0
set type 2 charge -1.0

pair_style born/coul/long 10.0 8.0
pair_coeff 1 1 0.2640625 0.317 2.340 1.05 0.5
pair_coeff 1 2 0.21125 0.317 2.755 7 8.6875
pair_coeff 2 2 0.1584375 0.317 3.170 72.5 145.625
kspace_style ewald 1.0e-4

neighbor        0.1 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check no
timestep 0.005
minimize 1.0e-4 1.0e-4 100 1000

compute          1 all msd  
velocity        all create 1073.0 87287 dist gaussian

run              0

thermo           5000
thermo_style     custom step etotal temp c_1[4]

thermo_modify    flush yes

dump             1 all custom 100000 dump.* id type x y z
dump             2 all cfg 100000 a*.cfg id type xs ys zs
dump_modify        1 element Na1 Cl2

fix              2 all npt temp 1073 1073 4 aniso 0 0 4
run              500000

unfix            2
fix              2 all nvt temp 1073 1073 0.1 drag 0.2
run              500000
赞一下 回复此楼
加油！
15楼2012-12-12 11:14:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-19 23:14:47
引用回帖:
15楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-12 05:14:26
我在上次那个in文件里面加了一个minimize命令，但是运行计算好像没有反应啊，你能不能帮我看看呢
# 3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary  p p p
atom_style        charge

region                   regbox blo ...

有反应啊，不过minimization之后能量反倒更大了，唉，我也没做过带电系统的，不敢瞎评论。
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0     3283.825            0     3283.825    1841942.5
       1            0    2201.9244            0    2201.9244    1191267.3
       2            0 1.1420382e+28            0 1.1420382e+28 7.3432144e+30
Loop time of 0.0345552 on 1 procs for 2 steps with 212 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = linesearch alpha is zero
  Energy initial, next-to-last, final =
         3283.82497763      2201.92444207  1.14203823754e+28
  Force two-norm initial, final = 20954.6 2.00103e+32
  Force max component initial, final = 11759.7 1.14428e+32
  Final line search alpha, max atom move = 2.10676e-16 2.41072e+16
  Iterations, force evaluations = 2 40
赞一下 回复此楼
16楼2012-12-12 15:36:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-12 15:36:20
有反应啊，不过minimization之后能量反倒更大了，唉，我也没做过带电系统的，不敢瞎评论。
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 8.75168 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press  ...

我电脑上完全没有反应啊，一直停留在这个状态，怎么回事啊，真心郁闷啊
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 9.03804 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0          nan            0          nan          nan
赞一下 回复此楼
加油！
17楼2012-12-13 08:51:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-10 03:22:02
对啊，楼主是要模拟 NaCl 融化过程，random构型就算能量最小化之后，结果也肯定不对。

如果真的是打算做NaCl，最好是自己做一个data文件。给楼主介绍一个软件

http://www.moltemplate.org/

examples里有一 ...

楼主有没有用过moltemplate软件啊，我按照manual上面设置环境变量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用户名是root，我应该把moltemplate文件夹放到哪里啊
赞一下 回复此楼
加油！
18楼2013-01-19 14:51:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bessel

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-19 23:15:03
引用回帖:
18楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-01-19 08:51:37
楼主有没有用过moltemplate软件啊，我按照manual上面设置环境变量，但是不行啊，也不知道怎么回事，我的用户名是root，我应该把moltemplate文件夹放到哪里啊...



你用Linux系统直接用root账号？root敢死队，不怕把系统玩死。

root的bash文件和普通用户的不一样，manual是按照普通用户写的，你回到普通用户再弄一遍。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

WJ-MS
19楼2013-01-19 19:19:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
19楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-19 19:19:09


你用Linux系统直接用root账号？root敢死队，不怕把系统玩死。

root的bash文件和普通用户的不一样，manual是按照普通用户写的，你回到普通用户再弄一遍。...

唉，不懂Linux啊，别人帮我装的，就用了root账号了……怎么换成普通账号啊？换成普通账号后，我root账号里的东西是不是就没有了啊？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Bessel
加油！
20楼2013-01-20 12:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 WJ-MS 的主题更新
212/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295分求调剂 +11 ?要上岸? 2026-04-10 11/550 2026-04-12 10:21 by 猪会飞
[考研] 346分，工科0854求调剂，专硕 +3 moser233 2026-04-12 3/150 2026-04-12 09:04 by lbsjt
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
[考研] 0859，337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 还有化工二轮调剂的学校吗 5+14 化工人999 2026-04-09 48/2400 2026-04-11 10:27 by 89436494
[考研] 342电子信息专硕求调剂 +9 你让我怎么荔枝 2026-04-10 10/500 2026-04-11 08:33 by zhq0425
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 362求调剂 +10 我要考大 2026-04-06 14/700 2026-04-10 17:00 by luoyongfeng
[考研] 一志愿中南大学物理学，英一66，求调剂 +4 长烟旖旎 2026-04-08 5/250 2026-04-10 10:31 by 颖果儿
[考研] 材料调剂 +5 hzhahg 2026-04-06 5/250 2026-04-10 10:10 by may_新宇
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-05 11/550 2026-04-10 09:32 by 钟洲2011
[考研] 材料299专硕求调剂 +10 +21 2026-04-09 10/500 2026-04-09 17:34 by 1753564080
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +10 vants 2026-04-05 11/550 2026-04-08 16:02 by screening
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
[考研] 0854求调剂 +9 亨氏番茄沙司 2026-04-06 10/500 2026-04-07 14:37 by shdgaomin
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程，初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 277求调剂 +5 考研调剂lxh 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:03 by chy09050039
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭