| 查看: 901 | 回复: 2 | ||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||
thinkerboy铁虫 (小有名气)
|
[求助]
怎么获取鸡的一段未被报道的基因
|
|||
|
没有师姐没有师兄，现在导师要我根据其他已报道的人或动物的nod2基因，进行同源比对找到保守区，设计引物，然后通过提mRNA——cDNA，通过RACE扩增出鸡的nod2全基因。跪求具体方法啊！，我通过NCBI找到人和小鼠的nod2基因，也用blast对这两个基因比对了，但结果也就是碱基序列的一一对应和一个有颜色的数轴图，请问我该怎么设计引物。 根据上面的描述我该怎么由比对的结果设计引物，还有就是引物要跨越内含子是什么意思？引物一定要设计在CD区的上游吗，还是要怎么样啊？本人没设计过引物，求具体具体再具体的方法啊 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生化实验经验积累 | 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有269人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 传染性喉气管炎鸡痘基因工程疫苗有关文章
已经有4人回复
- 【求助/交流】求助：鸡血细胞DNA的提取
已经有4人回复
gyesang
荣誉版主 (著名写手)
-
专家经验: +24 - MolEPI: 31
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 2.689
- 金币: 24338.9
- 散金: 1088
- 红花: 88
- 沙发: 2
- 帖子: 2327
- 在线: 623.1小时
- 虫号: 849017
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 细胞信号转导
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
thinkerboy: 回帖置顶 2012-12-05 18:05:13
1949stone: MolEPI+1, 果然是神 2012-12-05 19:41:57
thinkerboy: 金币+2 2012-12-12 13:31:29
感谢参与，应助指数 +1
thinkerboy: 回帖置顶 2012-12-05 18:05:13
1949stone: MolEPI+1, 果然是神 2012-12-05 19:41:57
thinkerboy: 金币+2 2012-12-12 13:31:29
|
你这个应该做简并引物PCR，而且比对不是比对的是DNA序列，而是比对是的氨基酸序列，找出保守序列，然后再设计简并引物。 具体步骤如下： 一、利用ncbi搜索不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系，不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关氨基酸序列即可。随后利用这一序列使用BLASTp(通过蛋白查蛋白)，在整个NCBI蛋白数据库中查找与之相似的氨基酸序列，并保存所有搜索到的序列。 二、对所找到的序列进行多序列比对 将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进行多序列比对，可选工具有Clustal W，也可在线分析http://www.ebi.ac.uk/clustalw/。其结果如下图所示, 所有序列的共有部分将会显示出来。“*” 表示保守，“：” 表示次保守。  三、确定合适的保守区域 设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域，且两个保守区域相距50～ 400个aa为宜，从而使得pcr产物在150~1200bp之间，最重要的是每一个保守区域至少有6个aa残基，因为每条引物至少18bp左右。若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个aa的保守区域，这时可以根据物种的亲缘关系，选择亲缘相近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到要求，则需进行三次比对。总之，究竟要选多少序列来比对，要根据前一次比对的结果反复调整。最终目的就是有两个6个aa且两者间距离合适的保守区域。 四、利用软件设计引物 当得到保守区域后，就可以利用专业的软件来设计引物了，其中pp5支持简并引物的设计，将参与多序列比对的序列中的任一条导入pp5中，再将其翻译成核苷酸序列，有密码子简并性，其结果是有n多条彼此只相差一个核苷酸的序列群，该群可用一条有简并性的核苷酸链来表示（其中R＝A／G，Y＝C／T，M＝A／C，K＝G／T，S＝C／G，W＝ A／T，H＝ A／C／T，B＝ C／G／T，V＝A／C／G， D＝A/G /T,N=A／C／G/T），该具有简并性的核苷酸链必然包含上一步中找到的氨基酸保守区域的对应部分，在pp5中修改参数，令其在两个距离合适的保守的nt区域内寻找引物对，总之要保证上下游引物都落在该简并链的保守区域内，结果会有数对，分数越高越好。 |
2楼2012-12-05 17:42:19
thinkerboy
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3.6
- 散金: 1
- 帖子: 69
- 在线: 44.8小时
- 虫号: 2099002
- 注册: 2012-10-31
- 性别: GG
- 专业: 细胞衰老
3楼2012-12-05 18:03:31
