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seamas_gao2

新虫 (小有名气)

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[求助] 请问只有一个个体的某一个碱基发生变化，算SNP吗？

我做了几十个个体的序列比对，发现某个碱基上只有一个个体发生了变化，请问这个算SNP吗，谢谢！

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1楼 2012-12-03 11:13:15

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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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管辖: 分子生物

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 回帖置顶 2012-12-03 21:07:54
amisking: 金币+3, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2012-12-03 21:08:04
小丹木木: 金币+2, MolEPI+1, 鼓励积极应助 2012-12-04 21:09:03
seamas_gao2: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！ 2012-12-07 08:28:45

从你自己的数据来看不能判断是否是SNP
SNP，single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性，是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的发生频率不小于1 %。SNP是对一个群体而言的概念

你现在做了几十个个体的序列比对，发现某个碱基上只有一个个体发生了变化，这个碱基变化位点是否是SNP，你可以先查阅NCBI的SNP二级数据库是否有记录，如果有记录那么这个位点可能是SNP位点，如果没有记录，那么你现有的样本量还是不能得出这个位点是SNP位点的结论。