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银虫 (初入文坛)

[求助] NH3分子在跑MD的时候键角发生变化，该如何处理啊？

各位大侠，小弟求助！

我用NH3分子跑MD的时候发现其构型发生变化。NH3的angle应该是107°18′，但是跑完平衡后发现三个角的angle不一样，都变化了。这个该如何处理啊？

1楼 2012-11-30 10:16:47

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铜虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-02 10:29:58

modify-constraints-measurement，选定键角，然后固定即可（fix angle）

2楼2012-11-30 10:35:41

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银虫 (初入文坛)

引用回帖:

2楼: Originally posted by loveben at 2012-11-30 10:35:41
modify-constraints-measurement，选定键角，然后固定即可（fix angle）

谢谢您的回复，但是不知道在NAMD的conf文件中如何进行您说的设置。

3楼2012-11-30 14:44:14

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