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mengsk

金虫 (著名写手)


[交流] 测分子自己的末端距,而不是和镜像的端点的距离

想用gromacs, g_dist -f traj.trr -n dist.ndx -o dist.xvg测量分子末端距,但测出来的好像不是同一个分子一端到另一端,而是一个分子的一端到相邻的周期性盒子的镜像分子的另一端,如何解决?命令中应该加什么参数吗?非常感谢!
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mengsk

金虫 (著名写手)


可以用g_mindist,加一个参数 -nopbc ,这样计算的就是分子本身的末端距了
g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg -nopbc
2楼2012-11-30 16:11:33
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mengsk

金虫 (著名写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by mengsk at 2012-11-30 16:11:33
可以用g_mindist,加一个参数 -nopbc ,这样计算的就是分子本身的末端距了
g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg -nopbc

有的文件还是不好用,距离的数值会出现跳跃,显然不是分子本身的末端距,而是掺杂了周期边界条件的影响。不知怎么搞的
3楼2012-11-30 16:45:43
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