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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 测分子自己的末端距，而不是和镜像的端点的距离
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mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] 测分子自己的末端距，而不是和镜像的端点的距离

想用gromacs， g_dist -f traj.trr -n dist.ndx -o dist.xvg测量分子末端距，但测出来的好像不是同一个分子一端到另一端，而是一个分子的一端到相邻的周期性盒子的镜像分子的另一端，如何解决？命令中应该加什么参数吗？非常感谢！
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1楼 2012-11-29 10:16:52
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mengsk

金虫 (著名写手)
可以用g_mindist，加一个参数 -nopbc ，这样计算的就是分子本身的末端距了
g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg -nopbc
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2楼2012-11-30 16:11:33
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mengsk at 2012-11-30 16:11:33
可以用g_mindist，加一个参数 -nopbc ，这样计算的就是分子本身的末端距了
g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg -nopbc

有的文件还是不好用，距离的数值会出现跳跃，显然不是分子本身的末端距，而是掺杂了周期边界条件的影响。不知怎么搞的
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3楼2012-11-30 16:45:43
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