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晶晶7777

新虫 (小有名气)

[求助] 求助!!!DGGE胶染色后,肉眼看到很多条带,相片及凝胶成像拍不出来。怎么回事?

提的土壤总DNA,跑胶后看到还是很明显的。采用338f-gc夹,517r引物PCR后,附图为1,据说好像是没P成功。附2图为DGGE胶,159v电压,7小时后,银染20min。明明肉眼看得到很多条带,拍不出来就算了,为啥子凝胶成像也没有呢,只有隐约的一条带,ps我们实验室的成像不太好,是从两侧的灯打过来的,据说灯从下面打的图才好看。现在不知道是哪一方面问题,如果是PCR的话,升温程序如下,94℃1min,55℃40s,72℃10min.35个循环,难道是模板量太高1μL。
或者是凝胶成像的灯有问题,那怎么解决,可以换SYBR green染色会好些吗?

1.jpg



2.JPG
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

2楼2012-11-28 09:41:24
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czfscf

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
为什么用拍的 不拿去扫描呢
Ecological Genomics;the scientific walking hormone
3楼2012-11-28 09:59:26
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
晶晶7777: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-06 11:18:27
貌似没批成功呢……
4楼2012-11-28 12:05:48
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by czfscf at 2012-11-28 09:59:26
为什么用拍的 不拿去扫描呢

没办法,实验室没条件,不能扫描。
5楼2012-11-29 10:40:54
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-28 12:05:48
貌似没批成功呢……

当时没加marker,后来加了,P出来这样。点样1微。算是p出来了吗。右边三个是338f,517r的,左边三个是27F,1492r

BL  BAD  SY通用引物及GC夹1.jpg

6楼2012-11-29 10:44:54
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 晶晶7777 at 2012-11-29 10:44:54
当时没加marker,后来加了,P出来这样。点样1微。算是p出来了吗。右边三个是338f,517r的,左边三个是27F,1492r

BL  BAD  SY通用引物及GC夹1.jpg
...

可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大,以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈,左边三个应该是,右边三个貌似又废了啊,好像引物二聚体呢……
7楼2012-11-29 10:53:12
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-29 10:53:12
可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大,以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈,左边三个应该是,右边三个貌似又废了啊,好像引物二聚体呢……...

是已经算了,右边三个的片段应该是200bp左右。我用的marker,后两个条带是250,100bp。这样子的话算是P好了吗
8楼2012-11-29 11:16:32
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-29 10:53:12
可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大,以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈,左边三个应该是,右边三个貌似又废了啊,好像引物二聚体呢……...

忘了说了,有marker6个带,最后一个不是很清晰
9楼2012-11-29 11:17:24
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 晶晶7777 at 2012-11-29 11:17:24
忘了说了,有marker6个带,最后一个不是很清晰...

看着不太像,条带不是很清晰,如果觉得是的话可以先往下做做看,出结果最好了。不然换一种小marker看看条带的情况
10楼2012-11-29 11:27:43
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