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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助！！！DGGE胶染色后，肉眼看到很多条带，相片及凝胶成像拍不出来。怎么回事？
汕头大学海洋科学接受调剂
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晶晶7777

新虫 (小有名气)

[求助] 求助！！！DGGE胶染色后，肉眼看到很多条带，相片及凝胶成像拍不出来。怎么回事？

提的土壤总DNA，跑胶后看到还是很明显的。采用338f-gc夹，517r引物PCR后，附图为1，据说好像是没P成功。附2图为DGGE胶，159v电压，7小时后，银染20min。明明肉眼看得到很多条带，拍不出来就算了，为啥子凝胶成像也没有呢，只有隐约的一条带，ps我们实验室的成像不太好，是从两侧的灯打过来的，据说灯从下面打的图才好看。现在不知道是哪一方面问题，如果是PCR的话，升温程序如下，94℃1min,55℃40s,72℃10min.35个循环，难道是模板量太高1μL。
或者是凝胶成像的灯有问题，那怎么解决，可以换SYBR green染色会好些吗？

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1楼 2012-11-27 21:22:39
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晶晶7777

新虫 (小有名气)
PCR加样量为1μL
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2楼2012-11-28 09:41:24
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czfscf

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么用拍的 不拿去扫描呢
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Ecological Genomics；the scientific walking hormone
3楼2012-11-28 09:59:26
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
晶晶7777: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-06 11:18:27
貌似没批成功呢……
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4楼2012-11-28 12:05:48
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晶晶7777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by czfscf at 2012-11-28 09:59:26
为什么用拍的 不拿去扫描呢

没办法，实验室没条件，不能扫描。
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5楼2012-11-29 10:40:54
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晶晶7777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-28 12:05:48
貌似没批成功呢……

当时没加marker，后来加了，P出来这样。点样1微。算是p出来了吗。右边三个是338f,517r的，左边三个是27F，1492r

BL  BAD  SY通用引物及GC夹1.jpg
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6楼2012-11-29 10:44:54
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 晶晶7777 at 2012-11-29 10:44:54
当时没加marker，后来加了，P出来这样。点样1微。算是p出来了吗。右边三个是338f,517r的，左边三个是27F，1492r

BL  BAD  SY通用引物及GC夹1.jpg
...

可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大，以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈，左边三个应该是，右边三个貌似又废了啊，好像引物二聚体呢……
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7楼2012-11-29 10:53:12
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晶晶7777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-29 10:53:12
可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大，以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈，左边三个应该是，右边三个貌似又废了啊，好像引物二聚体呢……...

是已经算了，右边三个的片段应该是200bp左右。我用的marker，后两个条带是250,100bp。这样子的话算是P好了吗
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8楼2012-11-29 11:16:32
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晶晶7777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by CXL19880406 at 2012-11-29 10:53:12
可以根据你设计的引物计算一下P的片段多大，以marker为标准来确定是不是你要的条带。我估计哈，左边三个应该是，右边三个貌似又废了啊，好像引物二聚体呢……...

忘了说了，有marker6个带，最后一个不是很清晰
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9楼2012-11-29 11:17:24
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CXL19880406

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 晶晶7777 at 2012-11-29 11:17:24
忘了说了，有marker6个带，最后一个不是很清晰...

看着不太像，条带不是很清晰，如果觉得是的话可以先往下做做看，出结果最好了。不然换一种小marker看看条带的情况
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10楼2012-11-29 11:27:43
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