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马新月

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁知道哈密瓜SOD酶的基因序列啊!

怎么知道哈密瓜SOD酶的基因序列啊!我刚接触,在NCBI里也没有查到!有知道的不!求帮助!十分感谢!
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2012-11-28 06:52:08
如果这样都查不到,那应该就是没有了。但我怀疑你查的方法不对,因为现在很多酶都已经被研究了,你再查仔细一点吧。要不然就查已经发表的文章。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2012-11-28 06:10:11
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
仔细说说你是怎么在NCBI查的?比如用了什么关键词
3楼2012-11-28 06:53:47
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马新月

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2012-11-28 06:10:11
如果这样都查不到,那应该就是没有了。但我怀疑你查的方法不对,因为现在很多酶都已经被研究了,你再查仔细一点吧。要不然就查已经发表的文章。

我查了NCBI,选核酸,后面输的葫芦科,应为哈密瓜属于葫芦科,然后会有很多,黄瓜啊,南瓜,西瓜什么的,然后基本上都看了一遍,没有哈密瓜,后来导师说就是没有的,我就想的查一个科的,找保守区,设计引物,你觉这样可以吗?直接属甜瓜,或者哈密瓜的,结果就是零。
4楼2013-03-17 18:04:50
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马新月

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2012-11-28 06:53:47
仔细说说你是怎么在NCBI查的?比如用了什么关键词

就用的,SOD melon,SOD cucumis(甜瓜属),SOD cucumis melon,这样子的,没有哈密瓜的,只能找保守区了,设计引物,可我不会找保守区啊,是查氨基酸序列和基因序列还是核酸序列,我看有人说用那个软件比对,可保守区怎么定啊,帮帮我吧,十分感谢!
5楼2013-03-17 18:08:43
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

看你的搜索,应该是正确的。
这样的话,找保守区是个不错的选择。
既然是保守区,就会存在于和哈密瓜进化很接近的species里(像你说的甜瓜属),你去下载所有能得到的葫芦科和SOD酶相关的基因组数据,最好有5个以上不同的species。如果没有的话,就再往上一级(比如葫芦科)
然后用clustalw等序列比对软件建立alignment,得到consensus sequence。
6楼2013-03-18 08:18:51
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