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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 谁知道哈密瓜SOD酶的基因序列啊！
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马新月

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁知道哈密瓜SOD酶的基因序列啊！

怎么知道哈密瓜SOD酶的基因序列啊！我刚接触，在NCBI里也没有查到！有知道的不！求帮助！十分感谢！
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1楼 2012-11-27 20:31:02
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2012-11-28 06:52:08
如果这样都查不到，那应该就是没有了。但我怀疑你查的方法不对，因为现在很多酶都已经被研究了，你再查仔细一点吧。要不然就查已经发表的文章。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2012-11-28 06:10:11
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
仔细说说你是怎么在NCBI查的？比如用了什么关键词
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3楼2012-11-28 06:53:47
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马新月

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2012-11-28 06:10:11
如果这样都查不到，那应该就是没有了。但我怀疑你查的方法不对，因为现在很多酶都已经被研究了，你再查仔细一点吧。要不然就查已经发表的文章。

我查了NCBI，选核酸，后面输的葫芦科，应为哈密瓜属于葫芦科，然后会有很多，黄瓜啊，南瓜，西瓜什么的，然后基本上都看了一遍，没有哈密瓜，后来导师说就是没有的，我就想的查一个科的，找保守区，设计引物，你觉这样可以吗？直接属甜瓜，或者哈密瓜的，结果就是零。
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4楼2013-03-17 18:04:50
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马新月

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2012-11-28 06:53:47
仔细说说你是怎么在NCBI查的？比如用了什么关键词

就用的，SOD melon，SOD cucumis(甜瓜属),SOD cucumis melon，这样子的，没有哈密瓜的，只能找保守区了，设计引物，可我不会找保守区啊，是查氨基酸序列和基因序列还是核酸序列，我看有人说用那个软件比对，可保守区怎么定啊，帮帮我吧，十分感谢！
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5楼2013-03-17 18:08:43
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

看你的搜索，应该是正确的。
这样的话，找保守区是个不错的选择。
既然是保守区，就会存在于和哈密瓜进化很接近的species里（像你说的甜瓜属），你去下载所有能得到的葫芦科和SOD酶相关的基因组数据，最好有5个以上不同的species。如果没有的话，就再往上一级（比如葫芦科）
然后用clustalw等序列比对软件建立alignment，得到consensus sequence。
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6楼2013-03-18 08:18:51
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