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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 谷胱甘肽MD
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xulinan

木虫 (小有名气)

[求助] 谷胱甘肽MD

大虾们有人做过谷胱甘肽和蛋白结合的MD吗？ 遇到两个问题请教下：
1、建模。发现RCSB中的结构谷胱甘肽和蛋白都是复合物的形式存在，并没有形成二硫键，如果想建一个谷胱甘肽和蛋白形成二硫键的结构请问如何实现。
2、谷胱甘肽算是小分子，请问MD时的参数哪里能找的到。
谢谢大家回复讨论。
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1楼 2012-11-25 10:01:00
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:32:47
xulinan: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-27 12:05:46
1.你可以用Amber立场，Amber力场的CYX残基就是形成二硫键的残基，可以直接在xleap里面用bond命令将两个硫连在一起。

2.谷胱甘肽是一个小肽吧，只含标准氨基酸，amber立场都有，不需要额外参数。如果有需要，键长键角可以通过gaff立场类比，电荷用RESP方法算
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2楼2012-11-26 22:20:38
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xulinan

木虫 (小有名气)
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3楼2012-11-27 12:15:12
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xulinan: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-27 14:08:12
内容已删除
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4楼2012-11-27 13:21:14
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xulinan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-27 13:21:14
你是要建模还是跑MD？

如果只是建个模，做个图啥的，在pdb里面手动把两个硫原子添加个链接信息就可以了

如果要优化，跑MD，免费的可以用Gromacs。但是gromacs建小分子立场比较麻烦。可以用免费的AmberTools建 ...

是要建模后做模拟的。现在已经用Modeller 建好了蛋白模型，谷胱甘肽的PDB是用RCSB上的SDF文件转换成的PDB，现在第一步是想把这个GSH通过二硫键的方式连接到蛋白的Cys上，请您给点建议，现在完全没有头绪，连接不上啊...
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5楼2012-11-27 14:12:35
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xulinan at 2012-11-27 14:12:35
是要建模后做模拟的。现在已经用Modeller 建好了蛋白模型，谷胱甘肽的PDB是用RCSB上的SDF文件转换成的PDB，现在第一步是想把这个GSH通过二硫键的方式连接到蛋白的Cys上，请您给点建议，现在完全没有头绪，连接不上 ...

我不太清楚你指的连接不上是什么意思？

在pdb里面链接信息就加个connect 连个原子序号就可以了啊？

要优化的话，sybyl或者modeller也可以define bond将两个原子连起来

跑动力学，就用amber的tleap的bond命令连接两个原子
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6楼2012-11-27 22:49:16
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