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gauss cube=(full,Cards) 的得到电子总数 不等于 原子总电子数目。
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我计算单个原子 Al 的电子分布情况， 输入文件为： # b3lyp/3-21g cube=(full,cards) Title Card Required 0 2 Al 0. 0. 0. full.cube -1 -4.0495 -4.0495 -4.0495 64 0.130629 0.0 0.0 64 0.0 0.130629 0.0 64 0.0 0.0 0.130629 结果把 full.cube 中所用格点的电子密度积分后，发现电子总数 为27 ，比Al 原子电子总数 高出约 2倍。 请问 哪里出了问题？ 多谢您的关注和指点。 |
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5楼2012-11-25 10:12:04
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nodding(金币+1): 谢谢参与
nodding: 金币+5 2012-11-25 12:17:03
gmy1990: 金币+2 2012-11-26 09:41:59
nodding(金币+1): 谢谢参与
nodding: 金币+5 2012-11-25 12:17:03
gmy1990: 金币+2 2012-11-26 09:41:59
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你如何把 full.cube 中所用格点的电子密度积分的？ cube已经是离散的数字了，需要把每一个数字乘以微体积元，再将它们加和起来，就得到电子数。这在excel中很容易操作。 因为cube是用原子单位表示的，微体积元要用波尔为单位的数据。 如果用埃为单位的，数值就会差约一倍。你是否误用了埃为单位的微体积元？ 在multiwfn的处理结果中，用波尔为单位的数据和用埃为单位的都列出了。 |
10楼2012-11-25 11:03:34
11楼2012-11-25 11:06:22
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首先：多谢 zhou 版主 光顾 指点。 列出full.cbue 几行数据, 便于 高人 诊断 指点。 Title Card Required SCF Total Density 1 -7.652446 -7.652446 -7.652446 64 0.246853 0.000000 0.000000 64 0.000000 0.246853 0.000000 64 0.000000 0.000000 0.246853 13 13.000000 0.000000 0.000000 0.000000 9.58947E-12 1.54167E-11 2.44023E-11 3.80283E-11 5.83476E-11 8.81410E-11 1.31091E-10 1.91958E-10 2.76746E-10 3.92820E-10 5.48967E-10 7.55332E-10 1.02322E-09 1.36471E-09 1.79205E-09 2.31686E-09 2.94909E-09 3.69587E-09 full.cube 输出按照 原子单位给出的。对应的 电荷密度 e/Bohr^3, 格点间隔为 bohr。 没有 转化为 埃 为单位。 我 按照 版主的 方法 积分的。首先用 full.cube 格点电荷密度 * 每格点的体积 即 0.246853^3， 然后 再求和，结果 为27.207. 这个数值还是不对啊。要不我附上 我的 full.cube 文件。看您方便处理一下吗？ full.cube(3.34MB) http://kuai.xunlei.com/d/GCVZLZQVYXAY?p=130497 [ Last edited by nodding on 2012-11-25 at 12:19 ] |
12楼2012-11-25 11:27:40
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2012-11-26 09:43:34
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2012-11-26 09:43:34
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看来你的命令格式还有问题：cube=(full,cards)。 要算轨道用关键词cube=(Orbitals,cards)；要算电子密度用cube=(density,cards)。 你现在并没有算电子密度，怎么能计算电子数。 还有，算电子密度用cube=(density,cards)，在cube或cubegen计算中，程序默认density=scf，即采用冻结核近似，不计算内层电子，如1s。如计算Al原子，总电荷数给出的是11。只有在指明fdensity=scf，才放弃冻结核近似，作包含全部电子的计算。这时计算Al原子，总电荷数给出的才是13。 另外，计算的电子数会不能完全与实际数值吻合，这是由于格点不够细密引起的误差。格点取到200*200*200就很接近了。 计算电子，已经不必用cube了，用关键词得到wfn文件，在multiwfn程序中更方便。 我已经好久没有用cube了，你的问题又让我把资料找出来复习了一遍。 [ Last edited by zhou2009 on 2012-11-25 at 15:44 ] |
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16楼2012-11-25 14:21:45
送鲜花一朵 |
多谢 zhou版主 再次解答。 我是新手，很多不清楚。多有麻烦。多谢了 目前还有一个疑问，烦请再次指教。 我在 g03 中文手册的 243页 废弃 关键词 cube 看到 如下解释： 立方空间内容选项 Density 只计算电子密度。不能与 Volume 关键字或Cube=Orbitals 选项组合。 FrozenCore 删除 SCF 芯电子密度。这是默认的电子密度，但不适用于势能计算。FC 是FrozenCore 的同义字。 Full 计算包括所有电子的电子密度。 Total 使用总电子密度。这是默认选项。 请问这里 full 选项 不能代替 density 吗，不是指 fdensity 吗？ 另外 这里 说的 total 与 density 选项 有何区别？ 另外：请问 版主 怎么设置 cube fdensity=scf, 是用cubegen 工具么？我设置 cube=(density,Cards) 能运行，而设置 fdenstiy 就不行了，老报错。 还有最后一个问题，怎么得到Al原子核心电子电荷密度分布文件？麻烦您用Al 用multiwfn 或者其他工具 给个指南。 多有麻烦！ 多谢多谢。 |
18楼2012-11-25 19:19:45
19楼2012-11-26 09:48:41
20楼2012-11-26 10:10:52
21楼2012-11-26 10:41:38
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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资料已发。 其实，计算分子的电子密度不是目的，它的图像是圆滚滚地，什么信息也看不见，最终目的是要作电子密度差Δρ。 作电子密度差Δρ： 见Multiwfn作者Sobereva博士写的的帖子“使用Multiwfn作电子密度差图”： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3980314 |
22楼2012-11-26 15:23:54
23楼2012-11-27 09:33:36
★
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我算了一下你的输入数据。得到的wfn文件进入multiwfn中计算电子密度如下： 取低密度格点（125000）得电子数为25.57； 中密度格点（512000）得电子数为15.77； 高密度格点（1728000）得电子数为13.46。 如果进一步将格点取高，如200^3，结果就是13了。 可见你取的格点密度太稀疏。 为什么会这样，我曾经发帖讨论过类似的问题：“分子片ρ计算的一个值得注意的问题” http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2934836 |
24楼2012-11-27 10:50:31
25楼2012-11-27 11:44:46
简单回复
2012-11-24 20:48
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nodding(金币+1): 谢谢参与
2012-11-24 20:49
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2012-11-24 20:49
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假大空6楼
2012-11-25 10:18
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neu2347楼
2012-11-25 10:37
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neu2348楼
2012-11-25 10:38
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userhung13楼
2012-11-25 11:35
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userhung14楼
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userhung15楼
2012-11-25 11:36
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轩辕重出江湖17楼
2012-11-25 18:52
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