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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中怎么得到准确的静电能
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yuhua6613

银虫 (小有名气)

[交流] gromacs中怎么得到准确的静电能 已有2人参与

gromacs模拟复合物AB。PME处理长程静电能。现在想得到A，B之间的相互作用能，用rerun可以得到两者之间的LJ-LR,LJ-SR,COUL-SR和系统的coul-recip。AB之间的范得华作用能就是LJ-LR+LJ-SR，但是静电能只有短程的，长程的无法得到。请问这个问题应该怎么解决？
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yaozhq

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1楼 2012-11-21 09:38:15
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-21 23:36:44
动力学的时候为了节省资源会有一个截断范围的 否则算一堆长程作用结果作用微弱是没意思的
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2楼2012-11-21 15:22:10
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蠢蠢欲动

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主在计算A，B之间的相互作用能时，最后只考虑了短程范德华及库伦作用能吗？
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3楼2013-07-13 16:43:45
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