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lbh_xt

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS并行计算的问题(cpu——time关系)

刚买了个服务器,6核4线程的,安装好并行版lammps后运行如下:
mpirun -np 1 ./lmp mpirun -np 2 ./lmp mpirun -np 3 ./lmp ...
我们进行了测试了time  —— cpu的数目关系,如上传图片


(1)怎么发现24个cpu全用上,计算所用的时间和2个cpu 的一样,这是什么原因啊。
(2)随着cpu从1到24变化,时间time会出现波动,一会大一会小的。测试结果是随机的还是差不多都一样呢?请问正常的情况应该是什么样子呢?
(3)有朋友说是因为体系大小的原因,请问一下用过lammps并行版的牛人们,你们是怎么测试和分配的呢?
(4)有没有好的软件专门进行并行测试的?(我感觉是不是因为计算机并行没有装好)

cpu-time.jpg
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安静
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lbh_xt

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2012-11-21 15:54:24
凡事都有不一定
我指的大多数 普遍的情况
但所谓这时候插入一个超线程的计算指令
和我所说的不相干
你那个理论上讲是对的
但前提是你哪里知道何时是CPU空闲时间
从而带来的内存数据是否要重新从硬盘读写等等 ...

我从分子模拟论坛里看到这个     http://www.mdbbs.org/thread-19233-1-1.html
"主要是因为Linux的内核有两种,一是.elsmp,一是el,前者是symmetric multiprocessing对称对处理器,后者是uniprocessor单处理器。而我启动Linux时,选择的是后者,所以并行的核越多,速度越慢。因此,要并行的话,应该选择elsmp才对。"

可是我的LINUX装的是 ubuntu-10.04.4,开机的是候没有上面所说的两个选项,请问是不是这个原因呢?
ubuntu不支持el吗 ?怎么进行设置呢?
安静
17楼2012-11-24 15:56:20
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-20 09:53:31
lbh_xt: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点哈 2012-11-21 13:49:03
对于科学计算来说多线程用不着,要关闭掉。
另外你的时间单位是什么?
2楼2012-11-20 08:55:31
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lbh_xt

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-20 08:55:31
对于科学计算来说多线程用不着,要关闭掉。
另外你的时间单位是什么?

单位是秒,我只是写了个小程序用并行版的测试一下。

我不是很懂这些,请问多线程不是也有那么多cpu吗,我的同学的服务器也是这个样子的,如果不用多线程的话,那么就只能有六个核算了嘛?
安静
3楼2012-11-20 09:41:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:00:26
lbh_xt: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点 2012-11-21 13:46:56
写个小程序就想比较计算速度,有点儿不太合适吧。
如果你一个体系很小的体系,用太多的CPU,反而浪费很多时间在信息的传递上,
并行计算的优势是大体系分块算。
我也坐过类似的测试:
4楼2012-11-20 09:57:56
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