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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

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[求助] 扩增基因CDS区域如何设计引物？

请问欲扩增基因CDS区域然后连接载体转染入细胞内表达，引物如何设计？我看到有人说上游引物在起始密码子前照抄20个左右，这是什么意思啊？

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1楼2012-11-18 21:44:19

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zhlf1989513

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-11-24 13:49:17

楼主这是最基础的东西你咋都不懂呢？？？
1、在NCBI上找到该基因的CDS区。
2、直接复制到premier里面（记住直接复制）。
3、设计引物。上游即是从第一个碱基开始数，17到24个bp都行；下游引物即是从最后一个开始配对的反向的碱基序列。注意尽量避免错配、引物二聚体。
4、引物设计好以后看一下上下游的Tm值是不是相差太多。两者的Tm值最好别超过5度。
5、引物设计好以后，在NCBI里面的premier-Blast里面Blast一下，看能不能Blast出你想要的目的基因。
6、加酶切位点和保护碱基。一般参考的保护碱基为以下链接。
http://www.dxy.cn/bbs/topic/2574 ... 4%E7%A2%B1%E5%9F%BA
祝好运！！！