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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)

[求助] pdb2gmx出错

用pdb2gmx处理的时候出现这样的错误：
fatal error：
atom oct1 in residue Thr 609 was not found in rtp entry CTHR with 15 atoms while sorting atoms


不知哪位大神知道是什么原因啊
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amber

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1楼 2012-11-14 20:30:48
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-14 22:05:22
Thr609上的这个原子类型有误吧？~仔细查看一下这个原子究竟是啥
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2楼2012-11-14 20:34:41
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-14 20:34:41
Thr609上的这个原子类型有误吧？~仔细查看一下这个原子究竟是啥

这个氨基酸是这个脸的c末端的氨基酸 报错的原子应该是末端羧基的羰基氧 不知道在pdb文件里该怎样搞才不出错呢！
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3楼2012-11-14 20:40:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-14 22:05:29
piaoluodeyu: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-11-15 10:10:09
试试把这个原子的名称改成OXT啊
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4楼2012-11-14 21:07:46
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-14 21:07:46
试试把这个原子的名称改成OXT啊

昨天晚上研究了下 要把oct1改成o oct2改成oxt就可以了
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5楼2012-11-15 10:11:38
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-15 14:15:21
oct1 原子类型错误 直接改成C就好了
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6楼2012-11-15 10:48:24
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