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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber中nmode 提取文件问题
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] amber中nmode 提取文件问题

BOX                   YES
NTOTAL                65016
NSTART                1
NSTOP                 5000
NFREQ                 100
#
NUMBER_LIG_GROUPS     1
LSTART                8751
LSTOP                 8824
NUMBER_REC_GROUPS     1
RSTART                1
RSTOP                 8750
我的体系是蛋白小分子复合物。请问NUMBER_REC_GROUPS  我应该是写蛋白的全部，还是写小分子周围的局部蛋白区域即可。请指教
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amber

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1楼 2012-11-13 20:13:09
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倩430

铁虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-26 20:28:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:16:15
是写的小分子周围的局部蛋白区域吗？请指教

是可以定义为蛋白的某区域的，比如小分子周围的多少a的范围。但是如果体系小的就不用，直接指定全部蛋白就可以了
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-26 19:21:33
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
是写的小分子周围的局部蛋白区域吗？请指教
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
3楼2012-11-26 16:16:15
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