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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs回复审稿人求助
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs回复审稿人求助

大家好，我写了篇gromacs做动力学方面的文章。
参照文献中参数采用的amber GAFF力场参数，电荷用的是gaussian计算的ESP电荷。
现在审稿人问我为什么要用esp电荷，而不直接用GAFF力场里面的电荷？
我也是看文献中这么用的，确实不知道为什么要这么用~~
麻烦高手帮忙解答下，提供点这方面的文献资料。
谢谢！
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1楼 2012-11-13 08:49:02
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:04
你是小分子用的GAFF立场吗？GAFF立场里面只有原子，键长键角参数，哪来的电荷？又不是Amber立场

用GAFF立场，小分子电荷最好使用高斯算，用RESP的方法进行拟合。Amber里面的antechamber可以做
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2楼2012-11-26 22:15:58
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