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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
cenwanglai: 金币+2, 谢谢回复 2012-11-14 14:53:46
引用回帖:
10楼: Originally posted by xiemin8761 at 2012-11-14 12:18:13
是算一次错误了之后再提交计算就能算出来？那之前的要删除吗？之前的要保留chk文件吗？能不能再详细一点啊谢谢！...

能的，有时候就是到103的时候，程序死掉了。所以有时候能算出来
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11楼2012-11-14 12:30:02
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xy00083789 at 2012-11-13 18:58:56
楼主，原因在于扫描坐标与内坐标不对应。
是这样：你在设置scan的时候
7 11 2.33673 s 10 -0.153
7 10 2.5872 s 10 -0.178
是设置的H（7） 和 两个O（10,11）的键长扫描。但是你的内坐标定义里面 两个O分别和 5 ...

我现在会弄这个键长了，好像的确是你说的这个问题，谢谢你。
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12楼2012-11-14 16:32:35
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xy00083789

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
cenwanglai: 金币-1, 非应助回帖，请不要选择应助回帖~ 2012-11-15 13:57:32
引用回帖:
12楼: Originally posted by xiemin8761 at 2012-11-14 16:32:35
我现在会弄这个键长了，好像的确是你说的这个问题，谢谢你。...

不用谢，有机会再交流！
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欢迎交流zhongyue.yang@yahoo.cn
13楼2012-11-14 21:26:04
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xy00083789 at 2012-11-14 21:26:04
不用谢，有机会再交流！...

谢谢你的回复，现在键长时变了，能scan了，可是又出现问题了

Error on Z-matrix card number   11
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed:
---------------------------------------------------------------------------------------------------
                            Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)
   CD    Cent   Atom    N1       Length/X        N2       Alpha/Y        N3        Beta/Z          J
---------------------------------------------------------------------------------------------------
      1      1  C
      2      2  H        1   1.091507(     1)
      3      3  H        1   1.104859(     2)      2  111.594(    13)
      4      4  H        1   1.094780(     3)      2  114.114(    14)      3 -122.277(    24)      0
      5      5  C        1   1.462644(     4)      2  108.607(    15)      3  112.392(    25)      0
      6      6  C        5   1.527421(     5)      1  132.357(    16)      2  162.882(    26)      0
      7      7  H        6   1.738100(     6)      5   62.672(    17)      1  183.237(    27)      0
      8      8  H        6   1.083556(     7)      5  122.277(    18)      1  -87.002(    28)      0
      9      9  H        6   1.091766(     8)      5  115.672(    19)      1  110.269(    29)      0
     10     10  O        7   1.163205(     9)      1   40.715(    20)      6 -189.104(    30)      0
     11     11  O        7   2.336735(    10)      5  182.144(    21)      1  159.540(    31)      0
     12     12  H       11   0.969099(    11)     10   78.868(    22)      5  185.484(    32)      0
     13     13  H       11   0.968229(    12)     10  178.133(    23)      5   44.638(    33)      0
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Error termination via Lnk1e in /usr/local/gaussian09c01/g09/l716.exe at Thu Nov 15 00:49:44 2012.
Job cpu time:  0 days 15 hours 10 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      9 Int=      0 D2E=      0 Chk=      3 Scr=      1

这该怎么解决啊？
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14楼2012-11-15 15:46:00
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
cenwanglai: 金币+2, 谢谢分享~ 2012-11-18 16:55:22
我昨天收到高斯客服的邮件，
Thank you for your inquiry. The error here indicates that the program was not able to make the modification of the structure to compute the next scan point without changing other internal coordinates. The redundant internal coordinates are very convenient but the drawback of having the redundancy in the internal coordinates is that this type of situations can happen, i.e. a change in one internal coordinate cannot be done without altering other internal coordinates and/or there are multiple solutions and the program cannot decide for the most appropriate one.

What this means is that, unfortunately, in some cases, one needs to do scans in smaller sections or even computing some points in the scan separately. It sometimes helps using smaller step sizes, you may try for example scan steps of ~ 0.1 Angstrom (yours are > 0.15 Angstrom, which can be too long for certain geometries). Of course, that would also mean that you would need to compute more scan points than what you are doing here. By having somewhat smaller changes, there may be a smaller chance of failure when the program needs to generate the geometry of the next scan point.
Sincerely,

但是如果按原先的方法的话，多加步数好像也不行
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15楼2012-11-16 08:23:34
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xy00083789

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xiemin8761 at 2012-11-16 08:23:34
我昨天收到高斯客服的邮件，
Thank you for your inquiry. The error here indicates that the program was not able to make the modification of the structure to compute the next scan point without changin ...

这个问题，我之前没遇到过，所以不好解释，实在对不起啦。如果你的问题解决了，请和我说一下问题出在哪里，我的邮箱是zoeyangnku@163.com 谢谢你了！
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欢迎交流zhongyue.yang@yahoo.cn
16楼2012-11-16 21:18:45
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by xy00083789 at 2012-11-16 21:18:45
这个问题，我之前没遇到过，所以不好解释，实在对不起啦。如果你的问题解决了，请和我说一下问题出在哪里，我的邮箱是zoeyangnku@163.com 谢谢你了！...

我用你的办法算是可以算但是老师某个角大于180度，然后计算得就死了，今天算了100多个点就死了，不知道怎么用这100个点画3维图呢？你知道吗？
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17楼2012-11-17 11:15:17
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xy00083789

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
cenwanglai: 金币+3, 谢谢热心提醒~ 2012-11-18 16:55:54
引用回帖:
17楼: Originally posted by xiemin8761 at 2012-11-17 11:15:17
我用你的办法算是可以算但是老师某个角大于180度，然后计算得就死了，今天算了100多个点就死了，不知道怎么用这100个点画3维图呢？你知道吗？...

你说起180度，我倒是想起一个事情，可能对你有帮助。我在优化的时候，凡是出现180度的区域（比如CC三键）都容易出现内坐标错误，我解决这个问题一般是在优化的时候，opt=cartisian，但是对于你这种扫描的问题，需要依赖于内坐标系统，我建议你把可能出现180度部分的内坐标，通过atom list再调整一下，应该可以把100个点算过去。另外，你提到三维图，你是想用哪两个参数做图呢？
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18楼2012-11-17 12:24:48
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by xy00083789 at 2012-11-17 12:24:48
你说起180度，我倒是想起一个事情，可能对你有帮助。我在优化的时候，凡是出现180度的区域（比如CC三键）都容易出现内坐标错误，我解决这个问题一般是在优化的时候，opt=cartisian，但是对于你这种扫描的问题，需要 ...

想用两个键长的变化和能量做三维图，我换了好多次都是超过180度，没办法我用了虚原子算了现在，不知道能不能成功。希望能成，这东西弄了我两周了。
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19楼2012-11-17 14:43:14
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