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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » dcd文件太大，电脑不反应
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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] dcd文件太大，电脑不反应

dcd文件太大，电脑反应不过来直接就关闭软件了，或者死会儿机，这个怎么办？可以把dcd文件截成两部分吗？
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1楼 2012-11-11 21:25:58
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xingyanfei: 金币+1 2012-11-12 08:41:01
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-12 10:19:21
1、你的模型中有很多水吧？
如果你的分析中不需要水的话，可以把水从轨迹文件中去掉，形成一个新的DCD文件用来分析和后处理。这样就能使DCD 文件小很多。

2、搜索关键词 catDCD
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2楼2012-11-11 22:18:40
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞,非常好用。 2012-11-12 08:01:46
xingyanfei: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-11-12 08:41:08
用animate命令读入dcd
如每10读1
animate read dcd x.dcd skip 10
读500到1000之间
animate read dcd x.dcd beg 500 end 1000
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3楼2012-11-11 23:31:37
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-11 23:31:37
用animate命令读入dcd
如每10读1
animate read dcd x.dcd skip 10
读500到1000之间
animate read dcd x.dcd beg 500 end 1000

请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？
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4楼2012-11-12 08:42:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 13:18:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-12 08:42:45
请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？...

你直接在VMD的 tkConsole里输入“animate”
然后回车
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5楼2012-11-12 09:07:53
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-12 11:39:14
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-12 08:42:45
请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？...

vmd user guide必读
vmd tutorial需学习
均在namd网站下载
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6楼2012-11-12 10:29:43
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-12 09:07:53
你直接在VMD的 tkConsole里输入“animate”
然后回车...

谢谢了
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7楼2012-11-12 11:10:05
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-12 10:29:43
vmd user guide必读
vmd tutorial需学习
均在namd网站下载...

谢谢了，非常感谢呀！！
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8楼2012-11-12 11:12:23
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superdirac

木虫 (正式写手)
？？
你想干什么？

如果是要看看而已的话，在载入dcd的时候，可以把步长选的大一些 就ok了。
要是分析dcd的话，就用一个bigdcd.tcl 的小工具就可以了。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2012-11-25 15:52:15
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by superdirac at 2012-11-25 15:52:15
？？
你想干什么？

如果是要看看而已的话，在载入dcd的时候，可以把步长选的大一些 就ok了。
要是分析dcd的话，就用一个bigdcd.tcl 的小工具就可以了。

谢谢您的回答，我是想求质心距离，应该是要把dcd先读进去，在分析一下吧
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10楼2012-11-27 09:25:39
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