应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » dcd文件太大，电脑不反应
121/2返回列表12下一页
查看: 2337  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] dcd文件太大，电脑不反应

dcd文件太大，电脑反应不过来直接就关闭软件了，或者死会儿机，这个怎么办？可以把dcd文件截成两部分吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
00fei00fei00fei00fei00fei00
1楼 2012-11-11 21:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xingyanfei: 金币+1 2012-11-12 08:41:01
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-12 10:19:21
1、你的模型中有很多水吧？
如果你的分析中不需要水的话，可以把水从轨迹文件中去掉，形成一个新的DCD文件用来分析和后处理。这样就能使DCD 文件小很多。

2、搜索关键词 catDCD
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-11 22:18:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞,非常好用。 2012-11-12 08:01:46
xingyanfei: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-11-12 08:41:08
用animate命令读入dcd
如每10读1
animate read dcd x.dcd skip 10
读500到1000之间
animate read dcd x.dcd beg 500 end 1000
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-11 23:31:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-11 23:31:37
用animate命令读入dcd
如每10读1
animate read dcd x.dcd skip 10
读500到1000之间
animate read dcd x.dcd beg 500 end 1000

请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
4楼2012-11-12 08:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 13:18:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-12 08:42:45
请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？...

你直接在VMD的 tkConsole里输入“animate”
然后回车
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-12 09:07:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-12 11:39:14
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-12 08:42:45
请问哪里有关于animate命令的tcl教程呢？？...

vmd user guide必读
vmd tutorial需学习
均在namd网站下载
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-12 10:29:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-12 09:07:53
你直接在VMD的 tkConsole里输入“animate”
然后回车...

谢谢了
回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
7楼2012-11-12 11:10:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-12 10:29:43
vmd user guide必读
vmd tutorial需学习
均在namd网站下载...

谢谢了，非常感谢呀！！
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
8楼2012-11-12 11:12:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
？？
你想干什么？

如果是要看看而已的话，在载入dcd的时候，可以把步长选的大一些 就ok了。
要是分析dcd的话，就用一个bigdcd.tcl 的小工具就可以了。
赞一下 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2012-11-25 15:52:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by superdirac at 2012-11-25 15:52:15
？？
你想干什么？

如果是要看看而已的话，在载入dcd的时候，可以把步长选的大一些 就ok了。
要是分析dcd的话，就用一个bigdcd.tcl 的小工具就可以了。

谢谢您的回答，我是想求质心距离，应该是要把dcd先读进去，在分析一下吧
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
10楼2012-11-27 09:25:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xingyanfei 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +3 kongweilin 2026-03-26 3/150 2026-03-26 00:53 by 15723253818
[考研] 调剂310 +3 温柔的晚安 2026-03-25 4/200 2026-03-25 23:16 by peike
[考研] 0856求调剂 +5 zhn03 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:58 by peike
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 求b区院校调剂 +4 周56 2026-03-24 5/250 2026-03-25 17:12 by yishunmin
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 0854电子信息求调剂 324 +4 Promise-jyl 2026-03-23 4/200 2026-03-25 11:36 by Sugarlight
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-24 5/250 2026-03-24 15:46 by 星空星月
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-21 6/300 2026-03-24 15:03 by 余意卿
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +9 材料学257求调剂 2026-03-23 10/500 2026-03-24 07:36 by wangy0907
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭