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菲顶顶

铜虫 (正式写手)

[求助] castep计算总是出错,算了半个月了,天天出错

想请问大家 我最近在计算的时候经常出现问题 ,也不知道是怎么回事,计算功函数,掺杂,怎么都会出现问题 ,各类问题我都遇到了,你们大家帮我解决一下吧
我是用集群算的  总共是44G,我上网搜了很多帖子 说是内存不够,我觉得还好吧 怎么会内存不够
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Error writing wavefunction coefficients to file in wave_page
Current trace stack:
wave_page
wave_initialise_wv
model_initialise
castep
libibverbs: Warning: RLIMIT_MEMLOCK is 32768 bytes.
    This will severely limit memory registrations.
MPI_CPU_AFFINITY set to CYCLIC, setting affinity of rank 80 pid 19079 on host node16 to ldom 0 (0)
forrtl: severe (40): recursive I/O operation, unit 11, file unknown
Image              PC                Routine            Line        Source            
castepexe_mpi.exe  0000000000412DDC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000367201D8B4  Unknown               Unknown  Unknown
castepexe_mpi.exe  0000000000412D0A  Unknown               Unknown  Unknown

(7$3}}EG46L1WYVV6QO(CEA.jpg

]DW$I`JT~6LP[P}RBCFHOY5.jpg



6}YHG~KI[3%JG87GGT(4WU7.jpg


我为了保证计算的精确度k点和cut-off一直都是不变的,SCF  tolerate一直用的fine
,FFD grid 也用的是fine,难道是我精确度太高了吗?如果是我精确度太高了 我觉得如果改变了k点和Cut off我感觉不太好 就是在保证计算结果还可以的情况下 我是改变那个精度 把他调低一点 又不影响我的计算

[ Last edited by 菲顶顶 on 2012-11-10 at 16:40 ]
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yourne

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
菲顶顶: 金币+1, 有帮助 2012-11-10 18:40:29
似乎和局域网有关?因为你那集群配置全部加到ultrafine也是没问题的
“自由有许多困难,民主亦非完美,然而我们从未建造一堵墙把我们的人民关在里面,不准他们离开我们。” ——肯尼迪
2楼2012-11-10 17:16:25
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普通回帖

菲顶顶

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yourne at 2012-11-10 17:16:25
似乎和局域网有关?因为你那集群配置全部加到ultrafine也是没问题的

谢谢你 我们的局域网太慢了?还是什么?但是我原来的k点网格是18*18*18 后来我改成1*1*1就可以算了,只是我觉得肯定不精确不是
3楼2012-11-10 18:42:19
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gyty

木虫 (初入文坛)

满地打滚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
菲顶顶: 金币+9, 有帮助 2012-11-11 10:11:24
是不是硬盘空间不够了?中间的波函数没有地方写就异常退出了。有时候波函数可能会有好几GB,甚至更大!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好学习,天天向上!
4楼2012-11-11 09:22:06
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菲顶顶

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyty at 2012-11-11 09:22:06
是不是硬盘空间不够了?中间的波函数没有地方写就异常退出了。有时候波函数可能会有好几GB,甚至更大!

好像是内存不足 我上网搜了好多帖子 自己降低了精度那些的就能算了哎 集群不给力啊
5楼2012-11-11 10:11:19
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1357246

铁杆木虫 (职业作家)

壮士

修改成动态数组师妹
✟耶稣爱你我也爱你✟【林前13:4-8】爱是恒久忍耐,又有恩慈。爱是不嫉妒。爱是不自夸。不张狂。不作害羞的事。不求自己的益处。不轻易发怒。不...
6楼2012-11-11 14:38:14
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1357246

铁杆木虫 (职业作家)

壮士

如何修改 看我博客里面有提到的
✟耶稣爱你我也爱你✟【林前13:4-8】爱是恒久忍耐,又有恩慈。爱是不嫉妒。爱是不自夸。不张狂。不作害羞的事。不求自己的益处。不轻易发怒。不...
7楼2012-11-11 14:39:08
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1357246

铁杆木虫 (职业作家)

壮士

另外看看具体你是怎么分配存储的
✟耶稣爱你我也爱你✟【林前13:4-8】爱是恒久忍耐,又有恩慈。爱是不嫉妒。爱是不自夸。不张狂。不作害羞的事。不求自己的益处。不轻易发怒。不...
8楼2012-11-11 14:40:24
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菲顶顶

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 1357246 at 2012-11-11 14:38:14
修改成动态数组师妹

谢谢师兄,嘿嘿,我看看
9楼2012-11-11 14:55:50
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missu001

铁杆木虫 (职业作家)

暖风过境,骑士

18*18*18毫无疑问会出错,瞬时需要交换的数据量非常大,80g内存都恐怕不够,没必要这么高的k点,k点是要看你的体系大小的,不是越大越精确。
方法、方向、前进
10楼2012-11-12 09:04:14
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