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sophiejoy

银虫 (小有名气)

[交流] 代谢通量分析中的通量是指什么呀？

看了好多文章关于代谢通量分析的 ，因为以前没有接触过所以不太明白，比如有个分别取发酵6、20、32h的数据(略)代入米根霉的通量模型进行计算,其通量分布结果如图
   我想知道这个通量到底是什么呀？是个物质的浓度，反应速率，还是其他的什么？另外，我是刚接触这方面的实验 以后课题就是这个了 ，哪位能推荐点代谢方面基础的书或者文献值了的，谢谢~

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1楼 2012-11-10 13:49:50
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看天

木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2012-11-11 08:34:12
sophiejoy: 金币+10 2012-11-12 09:36:31
你是南林还是南工的：
通量是底物分配在各代谢途径上的反应的量，比如100mol的葡萄糖，用于几丁质的葡萄糖是3.67mol，向下进入F6P的是96.33mol
你给出的这种量是以葡萄糖的摩尔量为参考的（以100mol葡萄糖为设定用量），可以认为有多少葡萄糖这个6碳骨架用于该途径上的反应了，所以各个数值之和等于分支前流量，并且都不会大于最终的100mol。
有时还有一种不是以葡萄糖为基准的，而是以自身摩尔量为计算结果 如果一种物质一分为二 这个通量就一下子增大了2倍
因此通量反映的是产物的得率 而非速率
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2楼2012-11-10 17:47:14
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看天

木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
举个例子说明：
假设你在设定的取样时间内，比如1h，测得glucose消耗掉 5mol/L/h，而生成乳酸9mol/L/h，你用的这2个数据就是实际反应速率。但是为了更直观地反应碳流向和产物得率，可以设定有100mol葡萄糖被消耗，那么乳酸就是180mol，显然这个时候得率看起来更明显，但是速率的特性已经不存在了，有些文章里如果速率也是一个重要的数据，作者会把葡萄糖的反应速率直接注释在这个以葡萄糖为基准的通量图上。
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sophiejoy
10楼2012-12-17 16:40:09
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普通回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看天: 金币+3, 鼓励 2012-11-12 18:28:53
可以理解成百分比
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sophiejoy
3楼2012-11-11 08:32:57
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sophiejoy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 看天 at 2012-11-10 17:47:14
你是南林还是南工的：
通量是底物分配在各代谢途径上的反应的量，比如100mol的葡萄糖，用于几丁质的葡萄糖是3.67mol，向下进入F6P的是96.33mol
你给出的这种量是以葡萄糖的摩尔量为参考的（以100mol葡萄糖为设定用 ...

谢谢~我明白了~
为什么这么确定我是南林或者南工的啊？ 我是南林的。。。
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4楼2012-11-12 09:40:07
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sophiejoy

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2012-11-11 08:32:57
可以理解成百分比

谢谢~一不小心把金币都送给楼上那位了。。。
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5楼2012-11-12 09:42:35
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sophiejoy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 看天 at 2012-11-10 17:47:14
你是南林还是南工的：
通量是底物分配在各代谢途径上的反应的量，比如100mol的葡萄糖，用于几丁质的葡萄糖是3.67mol，向下进入F6P的是96.33mol
你给出的这种量是以葡萄糖的摩尔量为参考的（以100mol葡萄糖为设定用 ...

你好 再请教你一下啊  关于这个问题我最近又困惑了 因为看的文献上说的不太一样  对于上面那个图 从F6P往下有95.93生成T3P ， 0.40生成海藻醇 是理解成为进入F6P的96.33mol的葡萄糖有95.93生成了T3P ，0.40mol生成了海藻醇吗？
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6楼2012-12-16 16:13:12
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看天

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sophiejoy at 2012-12-16 16:13:12
你好 再请教你一下啊  关于这个问题我最近又困惑了 因为看的文献上说的不太一样  对于上面那个图 从F6P往下有95.93生成T3P ， 0.40生成海藻醇 是理解成为进入F6P的96.33mol的葡萄糖有95.93生成了T3P ，0.40mol生成 ...

是的
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7楼2012-12-16 19:16:02
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sophiejoy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 看天 at 2012-12-16 19:16:02
是的...

哦  明白了 但是我看的书上有说的是速率啊 利用矩阵Ar=X 来计算的话 A是各反应的化学计量系数矩阵，X是代谢物的净转化速率矩阵 r 就是通量  就是速率
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8楼2012-12-17 11:59:25
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看天

木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by sophiejoy at 2012-12-17 11:59:25
哦  明白了 但是我看的书上有说的是速率啊 利用矩阵Ar=X 来计算的话 A是各反应的化学计量系数矩阵，X是代谢物的净转化速率矩阵 r 就是通量  就是速率...

我在1楼的回复是针对你所给的图上的数据而言的。你涂上的数据都是以mol为单位的。
当然也可以用速率来表示，速率就是单位时间（或者说给定时间段）内的反应的量，此时只不过是所有数据都多了一个“/h"的单位。而且用速率的话，物质的的量往往也不是以葡萄糖为基准了，而是自身的实际的量。
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9楼2012-12-17 15:55:08
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sophiejoy

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by 看天 at 2012-12-17 16:40:09
举个例子说明：
假设你在设定的取样时间内，比如1h，测得glucose消耗掉 5mol/L/h，而生成乳酸9mol/L/h，你用的这2个数据就是实际反应速率。但是为了更直观地反应碳流向和产物得率，可以设定有100mol葡萄糖被消耗， ...

这下明白啦 多谢前辈指点~
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11楼2012-12-17 19:00:53
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