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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS 跑着跑着到了15个小时，cpu利用率变为1%-5%。怎么回事？
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

[求助] DS 跑着跑着到了15个小时，cpu利用率变为1%-5%。怎么回事？

我在用DS跑一个MD,第二天早上（共跑了15个小时左右）去看的时候发现CPU利用率变为了很小，昨天晚上还是100%的啊。我不知道怎么回事，只能把MD STOP了的。请教怎么回事？ 时间实在是耽误不起啊。
注：我用的DS2.5.5win版，机子是酷睿四核。设置时number of processors：4.
是不是程序不稳定，还是怎么的？有什么解决措施吗？
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让我们high起来！
1楼 2012-11-08 13:28:23
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-09 09:14:30
你应该等一下观察一下记录文件 ds的动力学做的不是很完美 有时候会出各种问题 而且最好在linux下跑 win下很容易内存溢出 然后就慢到死
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2楼2012-11-08 13:51:58
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-08 13:51:58
你应该等一下观察一下记录文件 ds的动力学做的不是很完美 有时候会出各种问题 而且最好在linux下跑 win下很容易内存溢出 然后就慢到死

内存是8个G的（加了一内存条），使用率一般不超过50%
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让我们high起来！
3楼2012-11-08 20:12:32
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-17 15:47:38
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3楼: Originally posted by zhouzhiguang at 2012-11-08 20:12:32
内存是8个G的（加了一内存条），使用率一般不超过50%...

那是因为ds只能用4G内存………… 别问我为什么 即使是64位linux版本也有这样的问题 内存吃掉3.99G然后卡死
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4楼2012-11-17 12:28:45
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-17 15:47:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-17 12:28:45
那是因为ds只能用4G内存………… 别问我为什么 即使是64位linux版本也有这样的问题 内存吃掉3.99G然后卡死...

可能是模块有部分还是32位编译的 导致的问题吧 不懂 商业化软件没法深入研究的  总之方便的代价就是这样 内部的细节都被掩盖了 对错你都不知道 就只能看结果
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5楼2012-11-17 12:31:39
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