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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 学习autodock中的ADT使用问题?

我在学习autodock中的ADT使用Exercise Six: Starting AutoGrid 4
对下列的要求理会不深,您能给讲讲吗?我按练习做,ADT没有任何反应的,您能作个使用ADT演示?
另外autodock不在ADT下,也可以运行吗?那是如何运行的?(最好是WINDOWS界面)
In general you should know:
 1.AutoGrid 4 (and AutoDock 4) must be run in the
directories where the rigid macromolecule, ligand and
parameter files are to be found.
2. The named files in the parameter file must not include
pathnames.
3. Currently, it is not possible to run either program on a
WINDOWS platform except in a cygwin shell.
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫


可乐=枫(金币+1):3Q
报告这个错误是adt找不到autogrid4和autodock4的执行程序
adt只是一个作准备文件和查看对接结果的工具
它还需要外部调用autogrid和autodock
你需要先去下载windows版本的autogrid4和autodock4
http://autodock.scripps.edu/downloads
然后在Run->Run Autogrid(Autodock)菜单下指明你下载的两个执行文件放置的目录
注意:最好不要在目录名中有中文或空格(不知道这个bug现在解决了没有)
然后运行就可以了。
ps:autogrid4和autodock4都是支持命令行提交任务的
对于你使用adt产生的***.gpf和***.dpf可以直接使用命令行
做完了再用adt看结果,一样的。
lz好运!:)
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
2楼2007-06-30 10:22:22
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by alwens at 2007-6-30 10:22 AM:
报告这个错误是adt找不到autogrid4和autodock4的执行程序
adt只是一个作准备文件和查看对接结果的工具
它还需要外部调用autogrid和autodock
你需要先去下载windows版本的autogrid4和autodock4
[url]http://au ...

然后在Run->Run Autogrid(Autodock)菜单下指明你下载的两个执行文件放置的目录
注意:最好不要在目录名中有中文或空格(不知道这个bug现在解决了没有)


大侠,我就这里总出错,总不运行,您有解决办法?
3楼2007-06-30 16:18:27
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