24小时热门版块排行榜    

查看: 175  |  回复: 2
当前主题已经存档。

aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 学习autodock中的ADT使用问题?

我在学习autodock中的ADT使用Exercise Six: Starting AutoGrid 4
对下列的要求理会不深,您能给讲讲吗?我按练习做,ADT没有任何反应的,您能作个使用ADT演示?
另外autodock不在ADT下,也可以运行吗?那是如何运行的?(最好是WINDOWS界面)
In general you should know:
 1.AutoGrid 4 (and AutoDock 4) must be run in the
directories where the rigid macromolecule, ligand and
parameter files are to be found.
2. The named files in the parameter file must not include
pathnames.
3. Currently, it is not possible to run either program on a
WINDOWS platform except in a cygwin shell.
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

★
可乐=枫(金币+1):3Q
报告这个错误是adt找不到autogrid4和autodock4的执行程序
adt只是一个作准备文件和查看对接结果的工具
它还需要外部调用autogrid和autodock
你需要先去下载windows版本的autogrid4和autodock4
http://autodock.scripps.edu/downloads
然后在Run->Run Autogrid(Autodock)菜单下指明你下载的两个执行文件放置的目录
注意:最好不要在目录名中有中文或空格(不知道这个bug现在解决了没有)
然后运行就可以了。
ps:autogrid4和autodock4都是支持命令行提交任务的
对于你使用adt产生的***.gpf和***.dpf可以直接使用命令行
做完了再用adt看结果,一样的。
lz好运!:)
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
2楼2007-06-30 10:22:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by alwens at 2007-6-30 10:22 AM:
报告这个错误是adt找不到autogrid4和autodock4的执行程序
adt只是一个作准备文件和查看对接结果的工具
它还需要外部调用autogrid和autodock
你需要先去下载windows版本的autogrid4和autodock4
[url]http://au ...

然后在Run->Run Autogrid(Autodock)菜单下指明你下载的两个执行文件放置的目录
注意:最好不要在目录名中有中文或空格(不知道这个bug现在解决了没有)


大侠,我就这里总出错,总不运行,您有解决办法?
3楼2007-06-30 16:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 aspect3000 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 2rKfVQg2jQww 2026-11-06 5/250 2026-11-07 17:23 by Xc2FxHsHkBNc
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 5/250 2026-11-07 16:06 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 6/300 2026-11-07 15:44 by Xc2FxHsHkBNc
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 23/1150 2026-11-07 06:49 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:23 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 12/600 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
[基金申请] 各位基础老师们,看完中央《从严治党》的决定后,对学术界更加有信心了吧 +5 iaeyuan 2026-11-01 5/250 2026-11-04 14:43 by jinchengzi
信息提示
请填处理意见