| 查看: 839 | 回复: 3 | ||
[求助]
克隆后所得到的结果序列比较多，相同的序列或差异性小于0.01有没有软件自动鉴别出来
|
|
做了PCR克隆测序，有6个克隆文库，每个克隆文库里面有大概测序90个。这样得到很多的序列。想问有没有什么软件可以筛选淘汰掉一些序列或者把一些类似差不多的序列划到一起。因为MEGA建树的时候觉得这么多的序列建树起来很庞大而且有大部分的序列进化距离基本为0，也没有必要。 用过DOTUR计算所得序列的OTU，比如怎么筛选掉相似度差异小于0.01或者0.03的序列。或者这样的序列是不是可以把它作为一种基因类型来建树。 所以试问有没有某种软件把差异小于0.01或者0.03的序列自动划在一起，可以清晰的鉴别出来。难道只能用cluster W或者DNAMAN来比对一个一个比对来鉴别？ |
回复此楼» 猜你喜欢
His标签蛋白纯化怎么才能快？
已经有0人回复
-
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有257人回复
-
KRAS G12V(ON) 选择性抑制剂 RMC-5127：从三元复合物机制到科研应用
已经有0人回复
-
SHP2 变构抑制剂 Sitneprotafib：从作用机制到科研试剂选型要点
已经有0人回复
-
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用
已经有0人回复
-
SW033291 科研使用解析：分子特征、储存与实验获取要点
已经有0人回复
-
泛 RAS 抑制新思路：大环肽拟似物如何同时牵住突变型与野生型 RAS？
已经有0人回复
-
TYK2/JAK1 双靶点工具化合物 Brepocitinib：激酶选择性、研究进展与实验应用全解析
已经有0人回复
-
矢车菊素-3-O-葡萄糖苷质控实录：从一张HPLC图谱读懂纯度与稳定性
已经有0人回复
-
恩诺沙星（Enrofloxacin）科研解析：分子特征、LC-MS/MS 检测与实验室使用要点
已经有0人回复
yalong
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2188
- 散金: 2
- 帖子: 170
- 在线: 119.4小时
- 虫号: 1225018
- 注册: 2011-03-08
- 性别: GG
- 专业: 土壤生态学
2楼2012-12-05 15:24:10
3楼2013-06-24 11:10:32
4楼2020-04-10 20:46:25
