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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 克隆后所得到的结果序列比较多，相同的序列或差异性小于0.01有没有软件自动鉴别出来
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)

[求助] 克隆后所得到的结果序列比较多，相同的序列或差异性小于0.01有没有软件自动鉴别出来

做了PCR克隆测序，有6个克隆文库，每个克隆文库里面有大概测序90个。这样得到很多的序列。想问有没有什么软件可以筛选淘汰掉一些序列或者把一些类似差不多的序列划到一起。因为MEGA建树的时候觉得这么多的序列建树起来很庞大而且有大部分的序列进化距离基本为0，也没有必要。
用过DOTUR计算所得序列的OTU，比如怎么筛选掉相似度差异小于0.01或者0.03的序列。或者这样的序列是不是可以把它作为一种基因类型来建树。
所以试问有没有某种软件把差异小于0.01或者0.03的序列自动划在一起，可以清晰的鉴别出来。难道只能用cluster W或者DNAMAN来比对一个一个比对来鉴别？
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1楼 2012-11-05 11:08:09
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yalong

木虫 (小有名气)
我也想知道，帮楼主顶下
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2楼2012-12-05 15:24:10
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yalong at 2012-12-05 15:24:10
我也想知道，帮楼主顶下

用mothur软件可以
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3楼2013-06-24 11:10:32
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匿名

用户注销 (初入文坛)
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4楼2020-04-10 20:46:25
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