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yatou99

铜虫 (正式写手)

[求助] 有哪位熟悉NCBI的高手,求教,本人第一次接触,一片迷茫

本人在NCBI上找到十个左右的想要相关酶的序列,但是我找到的都是蛋白序列,现在我想要它们的dna序列,想问能不能在其蛋白序列的界面从哪里可以连接或者怎么从蛋白序列的信息来查找对应的dna序列呢,我现在就需要dna序列,我试过重新在核酸中搜索对应酶的序列,但是有很多结果出来,我根本不知道哪个是我想要的,烦恼呀,实验就此停止,不知道怎么弄了,呜呜,首次接触基因方面的,感觉好困难,哪位大侠帮帮忙,不甚感激!
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yatou99: 金币+10, ★★★很有帮助, 呵呵,谢谢,我现在重新搜索慢慢找了 2012-11-06 09:32:41
在蛋白序列上面的信息里面,点那个CDS。
或者搜索的时候用数据库里的nucleotide或gene搜索。
Thank-you,so-blue.
2楼2012-11-05 10:47:28
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-08 13:46:18
一般可以在BioEdit中通过蛋白质序列找出对应的核酸序列……NCBI中好像没有直接将蛋白质序列转化核酸序列的工具。先在首页上选择all databases然后输入所需的酶的名称(英文)然后可加[物种名],之后的页面就有所有的数据出来,包括蛋白质、核酸等。
3楼2012-11-05 10:53:53
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-11-06 17:22:01
yatou99: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-11-08 09:41:16
昨天一个同学刚问我同样的问题,他是找不到DNA序列,只找到蛋白质序列!如果你知道什么物种直接在nucleotide下收索这个物种,然后出来的你选择一个全基因组序列,然后在里面查找你要的酶,就会出现产物是你所需要的酶的gene和CDS区,你要是光要序列直接拷贝就行,要是多要点序列就在它的基因组上相应的地方多拷贝一点就行啦!你的物种要是不是固定的,就在genebank收索那一类生物的该种酶基因就OK啦!
低调稳重务实内敛---------------残
6楼2012-11-06 10:52:20
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yatou99

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-11-08 19:33:22
sorry,我也只找到的是动物的!但是这个东西这个东西微生物里面有吗?...

有的,现在我就是想找多几个动物的那个酶序列然后找保守序列设计引物,就这样
20楼2012-11-08 23:20:25
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普通回帖

yatou99

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yujitianqing at 2012-11-05 10:53:53
一般可以在BioEdit中通过蛋白质序列找出对应的核酸序列……NCBI中好像没有直接将蛋白质序列转化核酸序列的工具。先在首页上选择all databases然后输入所需的酶的名称(英文)然后可加,之后的页面就有所有的数据出来 ...

灰常谢谢你哈
4楼2012-11-06 09:33:49
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5楼2012-11-06 09:52:15
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yujitianqing at 2012-11-05 10:53:53
一般可以在BioEdit中通过蛋白质序列找出对应的核酸序列……NCBI中好像没有直接将蛋白质序列转化核酸序列的工具。先在首页上选择all databases然后输入所需的酶的名称(英文)然后可加,之后的页面就有所有的数据出来 ...

不好意思,有个地方我搞错了……NCBI中的BLAST可将蛋白质序列转化为核酸序列。可以将蛋白质序列复制过去,直接点击BLAST。
7楼2012-11-06 22:03:58
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yatou99 at 2012-11-06 09:33:49
灰常谢谢你哈...

不客气哈……我也是学习中的铁虫……
8楼2012-11-06 22:05:03
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piaoying_jys

木虫 (著名写手)

都是NCBI玩得好的科研高手啊
但愿人长久,千里共婵娟
9楼2012-11-06 22:32:14
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yatou99

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-11-06 10:52:20
昨天一个同学刚问我同样的问题,他是找不到DNA序列,只找到蛋白质序列!如果你知道什么物种直接在nucleotide下收索这个物种,然后出来的你选择一个全基因组序列,然后在里面查找你要的酶,就会出现产物是你所需要的 ...

我重新搜索了,主要是搜到的是整个染色体上全基因很长,我的那个酶的DNA序列大概只有1500个左右,都不知道从哪里开始是我需要的那个酶的序列,现在就只搜到从ccds数据库直接找到两个不同生物表达那个酶的序列,其他的无法判断那个酶的准确序列在哪里,不知道就用两序列对比来设计引物,妥不?
10楼2012-11-08 09:50:56
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