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胡小喜

新虫 (小有名气)

[交流] 真菌pcr-dgge

希望做过真菌pcr-dgge的高人指导。现在要做发酵液里真菌多样性研究，pcr-dgge听说最好选用目的片段为500bp以下的产物去分析，不知道有没有这么一说？另外想问下，有没有高人试过比较不同区域的真菌通用引物扩增效果吗？its区，18s，28s哪个区域的特异性强呢，通用引物哪些扩增的条带多，本人想做巢式pcr。
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1楼 2012-11-03 23:05:11
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木叶凌波

铜虫 (小有名气)
★
胡小喜(金币+1): 谢谢参与
scelab: 谢谢热心交流~ :) 2012-11-04 13:59:49
细菌DGGE做得比较多，真菌没做过，
pcr产物是不能过长，我都是2-3百长的，引物还有一个长GC夹子
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2楼2012-11-04 11:08:05
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胡小喜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 木叶凌波 at 2012-11-04 11:08:05
细菌DGGE做得比较多，真菌没做过，
pcr产物是不能过长，我都是2-3百长的，引物还有一个长GC夹子

谢谢！
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3楼2012-11-04 20:15:26
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
★
胡小喜(金币+1): 谢谢参与
ITS对杂菌环境比较好，18S的对纯菌鉴定比较有效。
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4楼2012-11-05 00:55:53
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胡小喜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiruwa at 2012-11-05 00:55:53
ITS对杂菌环境比较好，18S的对纯菌鉴定比较有效。

这怎么说呢？你们比较过哪些引物呢？谢谢
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5楼2012-11-05 12:20:59
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)
★
胡小喜(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiruwa at 2012-11-05 00:55:53
ITS对杂菌环境比较好，18S的对纯菌鉴定比较有效。

如果是做土壤真菌的DGGE分析，还要克隆测序，具体用哪对引物比较好呢？
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6楼2014-09-25 17:32:58
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