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胡小喜

新虫 (小有名气)


[交流] 真菌pcr-dgge

希望做过真菌pcr-dgge的高人指导。现在要做发酵液里真菌多样性研究,pcr-dgge听说最好选用目的片段为500bp以下的产物去分析,不知道有没有这么一说?另外想问下,有没有高人试过比较不同区域的真菌通用引物扩增效果吗?its区,18s,28s哪个区域的特异性强呢,通用引物哪些扩增的条带多,本人想做巢式pcr。
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木叶凌波

铜虫 (小有名气)



胡小喜(金币+1): 谢谢参与
scelab: 谢谢热心交流~ :) 2012-11-04 13:59:49
细菌DGGE做得比较多,真菌没做过,
pcr产物是不能过长,我都是2-3百长的,引物还有一个长GC夹子
2楼2012-11-04 11:08:05
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胡小喜

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 木叶凌波 at 2012-11-04 11:08:05
细菌DGGE做得比较多,真菌没做过,
pcr产物是不能过长,我都是2-3百长的,引物还有一个长GC夹子

谢谢!
3楼2012-11-04 20:15:26
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胡小喜(金币+1): 谢谢参与
ITS对杂菌环境比较好,18S的对纯菌鉴定比较有效。
4楼2012-11-05 00:55:53
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胡小喜

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by kiruwa at 2012-11-05 00:55:53
ITS对杂菌环境比较好,18S的对纯菌鉴定比较有效。

这怎么说呢?你们比较过哪些引物呢?谢谢
5楼2012-11-05 12:20:59
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)



胡小喜(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiruwa at 2012-11-05 00:55:53
ITS对杂菌环境比较好,18S的对纯菌鉴定比较有效。

如果是做土壤真菌的DGGE分析,还要克隆测序,具体用哪对引物比较好呢?
6楼2014-09-25 17:32:58
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