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shelay

木虫 (正式写手)

[求助] vasp表面计算的结构优化问题

大家好,我想用vasp计算表面结构的一些性能,我的做法是先做表面结构的优化,再计算性能,优化结构时选择ISIF=3,但是每次都是真空层都优化得没有了(注:真空层厚15A,足够大了),不知道怎么回事啊?
另外我用castep采用基本上一致的参数优化真空层就不会消失,我看论坛里有些同学用ISIF=2或其它,但是我个人认为是不是ISIF=3才是全优化啊,一直为此很纠结,计算也一直没什么进展,请大家不吝赐教,感谢!
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shelay

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wzbhit at 2012-11-03 21:36:15
ISIF=3优化  真空层没有很正常!
如果你创建的slab是asymmetric slab,那需要fix the bottom few layers to estimate the bulk properties,采用ISIF=2 to relax the top few layers。
如果你创建的slab是symmetr ...

那固定原子就是在POSCAR文件中设置T或F将其固定吗?以前试过,如果ISIF=3,好像固定不住啊。另外麻烦赐教asymmetric slab和symmetric slab的差别,是不是就是在 bottom 和middle 固定的意思啊?
4楼2012-11-04 14:14:40
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shelay: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-04 14:00:00
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教! 2012-11-04 15:17:11
ISIF=3优化  真空层没有很正常!
如果你创建的slab是asymmetric slab,那需要fix the bottom few layers to estimate the bulk properties,采用ISIF=2 to relax the top few layers。
如果你创建的slab是symmetric slab,那你可以 采用ISIF=3 to relax all the atoms,但是如果体系比较大,那计算量比较大,一般不这么操作。对于symmetric slab模型,一般fix the middle few layer,然后relax 上下 top的few layers。
从明天开始坚持吃早饭呀!
2楼2012-11-03 21:36:15
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shelay: 金币+1 2012-11-04 14:00:10
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教! 2012-11-04 15:18:21
对于这种情况应该是用isif=4
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2012-11-04 11:30:11
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流, 2012-11-05 14:32:23
shelay: 金币+4 2012-11-05 19:16:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by shelay at 2012-11-04 14:14:40
那固定原子就是在POSCAR文件中设置T或F将其固定吗?以前试过,如果ISIF=3,好像固定不住啊。另外麻烦赐教asymmetric slab和symmetric slab的差别,是不是就是在 bottom 和middle 固定的意思啊?...

POSCAR中Selective dynamics关键词是否设置? 你按照manual上slab的POSCAR设置来就行操作。“ISIF=3且用T F  来选择性fix原子”这个没试过,(感觉没有意义,所以没有尝试),
asymmetric slab和symmetric slab的差别:字面意思很好理解啊,一不对称的slab,一个对称性的slab,不对称性slab,比如你现在构建的直接在Z方向添加15angstrom的真空层,就属于asymmetric slab(此时,fix the bottom few layers)。symmetric slab就是在Z轴正负方向均添加15angstrom真空层。fix the middle few layers。
从明天开始坚持吃早饭呀!
5楼2012-11-04 20:40:23
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