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majiejili

金虫 (小有名气)

[求助] MS中的问题

我测试一下这个金和有机分子末端H的接触方式,请问在MS中应该用哪个模块,我用Dmol3结果run是灰色的,请大家指教

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好好科研
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
majiejili: 金币+10, ★★★很有帮助, 我用的是5.5,我把这个结构放在MS里run这个按钮不能算,是灰的,请问一下问什么?谢谢你的回答 2012-10-29 18:22:35
你MS的版本是?  5.5以下的版本MS中dmol是不能处理周期结构的
看你好像是做了表面修改的Au。
Au的话最好还是用castep比较好。 dmol对于赝势处理不如castep
我想做个科学家,可我又喜欢写诗;我想做一个诗人,可我却读的理工科..
2楼2012-10-29 16:25:51
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)

你这个结构是二维结构吧,如果三维结构,好像没有建没有建真空层。
3楼2012-10-29 16:31:29
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majiejili

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ice_rain at 2012-10-29 16:31:29
你这个结构是二维结构吧,如果三维结构,好像没有建没有建真空层。

是三维结构,我是优化一下分子和这个金的距离,请问怎么建真空层
好好科研
4楼2012-10-29 18:20:13
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
majiejili: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你的指导,现在可以用了,非常感谢你的帮助,祝工作顺利 2012-10-29 19:31:47
bulid-》crystal-》build vacuum slab
5楼2012-10-29 19:16:34
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiewei at 2012-10-29 16:25:51
你MS的版本是?  5.5以下的版本MS中dmol是不能处理周期结构的
看你好像是做了表面修改的Au。
Au的话最好还是用castep比较好。 dmol对于赝势处理不如castep

你是一个周期结构在cleave  surface之后的结构,这个结构dmol不认识,所以不能run,所以你需要重新建立一个空晶胞,楼下已经有人回复了...
我想做个科学家,可我又喜欢写诗;我想做一个诗人,可我却读的理工科..
6楼2012-10-30 08:51:55
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