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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 在一个TXT文本中，以fasta格式保存着1000多个氨基酸序列，每个序列的长度如何得出
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

[求助] 在一个TXT文本中，以fasta格式保存着1000多个氨基酸序列，每个序列的长度如何得出

在一个TXT文本中，以fasta格式保存着1000多个氨基酸序列，每个序列的长度不一，有什么办法能计算出每个序列的氨基酸数目。
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1楼 2012-10-28 14:33:50
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-29 17:56:48
http://blog.csdn.net/gaorongchao1990626/article/details/8104904
http://www.360yiqi.com/software/xlgszh.html
http://biflife.blog.163.com/blog ... 822011112410205488/
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南无观世音菩萨
2楼2012-10-28 17:11:13
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竹子小小

木虫 (小有名气)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-29 17:56:44
直接把TXT丢到NTI的序列比对里，然后每个序列名字旁边都会有数目
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3楼2012-10-29 08:43:05
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jackie1179

木虫 (正式写手)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-29 17:56:39
编个perl脚本不就可以了么？
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4楼2012-10-29 14:25:56
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lidonghong

金虫 (正式写手)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-29 17:55:51
可以导入到cluxtal 或mega中 氨基酸数就自当算出来了！
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生物化学与分子生物学
5楼2012-10-29 14:39:11
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hydraphenix

银虫 (小有名气)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-29 17:56:04
如果不会perl的话，用excel中的len公式也是可以的哈。
只不过要先将序列文件的格式整理成每行一个序列。
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6楼2012-10-29 14:46:05
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