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foxcl

铁虫 (正式写手)

[求助] 做系统发育树,如何去找同科、同目、同纲的序列?

做系统发育树,如何去找同科、同目、同纲的序列?

看教程说是要在NCBI上下载同科、同目、同纲的序列,可是如何通过属去找科、目、纲呢?

我BLAST了一下,属于Pseudomonas(假单胞菌杆菌属),它属于哪个科、哪个目、哪个纲?

各位是怎么做的?
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aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
foxcl: 金币+1, ★★★很有帮助, 我做的是16S rDNA鉴定 2012-10-24 10:01:37
目、纲??
比对出来的前100位基本都是同一属的,做进化树用不着目、纲。用于菌种鉴定的序列,用同属的做树就可以了。你比对的是什么序列?
汇天下之贤
3楼2012-10-23 16:43:45
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kk26

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做blastp 出来的同源性最近的就是了啦
坚持的保持一种热爱!
2楼2012-10-23 16:38:29
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