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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » G03中的(Polarized solute)-Solvent 的值在G09中怎么找到
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duchunmei

金虫 (小有名气)

[求助] G03中的(Polarized solute)-Solvent 的值在G09中怎么找到

想看一下G03与G09在用CPCM构型算溶剂化效应时是不是存在差别，但是在G09中找不到如下G03中形式的能量
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -705.950404028     A.U. after    1 cycles
             Convg  =    0.2712D-08             -V/T =  2.0043
             S**2   =   0.0000
--------------------------------------------------------------------
Variational C-PCM results
=========================
                     (a.u.) =    -705.811765
                     (a.u.) =    -705.950404
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -705.937573
--------------------------------------------------------------------
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =     -87.00
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =      27.22
Dispersion energy                        (kcal/mol) =     -21.06
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       1.89
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       8.05
请高手指点一下，不胜感激
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1楼2012-10-23 10:23:34
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-10-23 17:39:47
duchunmei: 金币+2, ★有帮助 2012-10-23 21:27:23
G09打印的溶剂化能和G03模式不太一致，如果想要得到与03中结果，需要在计算需要加入关键词smd可以打印出smd能量，加上关键词Extranaliteration后打印出非静电能，将两部分加起来就是03上的deltaG
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2楼2012-10-23 14:06:28
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duchunmei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-23 14:06:28
G09打印的溶剂化能和G03模式不太一致，如果想要得到与03中结果，需要在计算需要加入关键词smd可以打印出smd能量，加上关键词Extranaliteration后打印出非静电能，将两部分加起来就是03上的deltaG

不胜感激，因为接触这方面的知识不是很多，还请多多指教，你的意思是说，要分别加上这两个关键词算一下呢，还是将这两个关键词放在一块算？
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3楼2012-10-23 21:20:05
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
duchunmei: 金币+2, ★有帮助 2012-10-24 11:11:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by duchunmei at 2012-10-23 21:20:05
不胜感激，因为接触这方面的知识不是很多，还请多多指教，你的意思是说，要分别加上这两个关键词算一下呢，还是将这两个关键词放在一块算？...

是的，两个关键词都得有
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4楼2012-10-24 00:11:22
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duchunmei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 00:11:22
是的，两个关键词都得有...

好的，我试一下，谢谢咯，不会的地方再向你请教
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5楼2012-10-24 11:11:33
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duchunmei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 00:11:22
是的，两个关键词都得有...

你好，我按照你说的把关键词加进去了，但是直接就死掉了，会不会是我家的位置不对啊，我想问一下，这两个关键词家在哪个位置？西面是我放的位置
%nproc=8
%mem=6000MB
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt scrf=(solvent=water,read,cpcm,smd,Extranaliteration) freq 和%nproc=8
%mem=6000MB
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt scrf=(solvent=water,read,cpcm) freq  smd Extranaliteration
请帮忙看看，谢谢咯
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6楼2012-10-24 19:22:33
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duchunmei

金虫 (小有名气)
duchunmei: 回帖置顶 2012-10-24 21:33:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 00:11:22
是的，两个关键词都得有...

你好，我按照你说的把关键词加进去了，但是直接就死掉了，会不会是我加的位置不对啊，我想问一下，这两个关键词加在哪个位置？下面是我放的这两个关键词的位置
%nproc=8
%mem=6000MB
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt scrf=(solvent=water,read,cpcm,smd,Extranaliteration) freq
和%nproc=8
%mem=6000MB
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt scrf=(solvent=water,read,cpcm) freq  smd Extranaliteration
请帮忙看看，谢谢咯
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7楼2012-10-24 21:32:32
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
duchunmei: 金币+2, ★有帮助 2012-10-25 09:22:34
gmy1990: 金币+1 2012-10-26 12:21:24
引用回帖:
7楼: Originally posted by duchunmei at 2012-10-24 21:32:32
你好，我按照你说的把关键词加进去了，但是直接就死掉了，会不会是我加的位置不对啊，我想问一下，这两个关键词加在哪个位置？下面是我放的这两个关键词的位置
%nproc=8
%mem=6000MB
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt  ...

# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(PCM,solvent=benzene,read,smd,Dovacuum,ExternalIteration)
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8楼2012-10-24 22:43:04
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duchunmei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 22:43:04
# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(PCM,solvent=benzene,read,smd,Dovacuum,ExternalIteration)...

你好，我试了一下，还是不行，算上很快就死掉了，这是我的输出结果 麻烦你给看一下，问题在哪儿，谢谢了！----------------------------------------------------------------------
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt scf=tight scrf=(CPCM,solvent=water,read,smd,D
ovacuum,ExternalIteration) freq
----------------------------------------------------------------------
Only single-points with this SCRF method.
Error termination via Lnk1e in /home/liuyuxia/g09/l1.exe at Thu Oct 25 09:17:32 2012.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 30.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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9楼2012-10-25 09:22:24
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★
gmy1990: 金币+1 2012-10-26 12:21:31
引用回帖:
9楼: Originally posted by duchunmei at 2012-10-25 09:22:24
你好，我试了一下，还是不行，算上很快就死掉了，这是我的输出结果 麻烦你给看一下，问题在哪儿，谢谢了！----------------------------------------------------------------------
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt s ...

哦，这个我错了。这种情况下只能优化。如果你想在溶剂优化，那就不能计算这个DELTAG.还有read也可以删去。如果写的话，应该还得写其他的一些参数，如力场，温度一些的额外信息
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10楼2012-10-25 10:34:54
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