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铁虫 (小有名气)

[求助] 复合物跑md后，得到轨迹文件的后处理有哪些

我通过分子对接得到一个蛋白和小分子的复合物，用amber跑完动力学后得到轨迹文件。想进一步处理，可是我不知道该利用哪些软件做哪些处理。希望您看到，帮忙回答

1楼 2012-10-16 18:29:53

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铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-17 10:41:10
倩430: 金币+3, ★有帮助, 终于找到了 2012-10-21 22:16:45

AMBER教程，好好看看。http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/

努力的生活着

2楼2012-10-17 10:32:55

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铁虫 (小有名气)

引用回帖:

2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-17 10:32:55
AMBER教程，好好看看。http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/

恩。看着呢。一半的分析都在那里吗

3楼2012-10-20 08:55:36

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铁虫 (初入文坛)

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-20 12:24:46

一般的分析不都是那个什么p什么t什么j那命令么？分析下RMSD呀，聚聚类呀，一般就这些了。。你要有特殊想法也可以把特定的部分转成PDB再来自己分析。。

4楼2012-10-20 11:22:46

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