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kiruwa专家顾问 (职业作家)
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真菌ITS,query coverage只有200bp,怎么分析
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| 版上有没有做真菌的虫子,最近用引物 1406f 3126r扩增了土壤DNA. 得到了一系列真菌ITS. 其中,有的基本上和BLAST里面的ITS序列吻合. 不过有几个OTU的query coverage只有200到300bp. 这种情况如何处理,是继续提交NCBI,还是去其他数据库检查? 还是只提交这300bp呢? 如何鉴定这批真菌种属? 感觉NCBI里的真菌ITS参考序列不是特别多,18S rRNA的参考序列多一些,导致我的ITS很多时候只能被18S rRNA hit,所以导致我的序列在数据库里只有200到300bp的coverage? 求解,谢谢!! |
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