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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 真菌ITS,query coverage只有200bp,怎么分析

版上有没有做真菌的虫子,最近用引物 1406f 3126r扩增了土壤DNA. 得到了一系列真菌ITS. 其中,有的基本上和BLAST里面的ITS序列吻合. 不过有几个OTU的query coverage只有200到300bp. 这种情况如何处理,是继续提交NCBI,还是去其他数据库检查? 还是只提交这300bp呢? 如何鉴定这批真菌种属? 感觉NCBI里的真菌ITS参考序列不是特别多,18S rRNA的参考序列多一些,导致我的ITS很多时候只能被18S rRNA hit,所以导致我的序列在数据库里只有200到300bp的coverage? 求解,谢谢!!
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
1楼 2012-10-09 12:19:57
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handsome1984

铁虫 (小有名气)
ITS 好像包括一部分18S，一部分其他ITS序列的，我刚鉴定了一批真菌，是这样的。
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2楼2012-10-09 17:12:10
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hongyz

铁杆木虫 (正式写手)
10年前我做过大量的ITS分类，现在都有些忘记了。要是你目前没有弄清楚，给你个Email，可以询问我同事。
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3楼2012-12-25 10:49:08
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