| 查看: 1500 | 回复: 1 | |||
04nylxb专家顾问
|
[求助]
求助，如何解决gromacs跨节点并行CPU使用率小于5%？
|
|
各位同行，请教下gromacs并行的问题：我编译了并行单精度版的gromacs，-enable-mpi也加了，然后测试的时候发现，跨节点并行的时候，每个节点的用户CPU使用特别小，只有不到5%，而系统占用CPU缺的别大sy，95%，导致基本上计算没有进行。在单节点8核运行的时候，任务能够很快顺利结束，并且用户CPU都到99%左右，一旦跨节点，用户所占CPU瞬时就下来了。具体情况请见图。 我用的openmpi，mpirun -np ## mdrun xx.tpr 非常感谢大家  gromacs.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
0856材料与化工调剂，339
已经有9人回复
-
一志愿西安交大材料学硕（英一数二）347，求调剂到高分子/材料相关专业
已经有7人回复
-
324分 085600材料与化工
已经有9人回复
-
考研调剂
已经有6人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有3人回复
-
材料调剂
已经有5人回复
-
309分085801求调剂
已经有6人回复
-
一志愿武理材料工程302调剂环化或化工
已经有10人回复
-
311（085601）求调剂
已经有13人回复
-
335求调剂
已经有4人回复
04nylxb
超级版主
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 2321.9
- 散金: 46
- 红花: 4
- 帖子: 824
- 在线: 262.6小时
- 虫号: 817223
- 注册: 2009-07-28
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
2楼2012-10-07 17:37:54
