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04nylxb木虫 (正式写手)
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[求助]
求助，如何解决gromacs跨节点并行CPU使用率小于5%？
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各位同行，请教下gromacs并行的问题：我编译了并行单精度版的gromacs，-enable-mpi也加了，然后测试的时候发现，跨节点并行的时候，每个节点的用户CPU使用特别小，只有不到5%，而系统占用CPU缺的别大sy，95%，导致基本上计算没有进行。在单节点8核运行的时候，任务能够很快顺利结束，并且用户CPU都到99%左右，一旦跨节点，用户所占CPU瞬时就下来了。具体情况请见图。 我用的openmpi，mpirun -np ## mdrun xx.tpr 非常感谢大家  gromacs.jpg |
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04nylxb
木虫 (正式写手)
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2楼2012-10-07 17:37:54
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